算法辅助的超多重PCR引物设计实现超低的引物二聚体水平
近日，专注于核酸分子杂交底层技术研发和应用转化的创新型分子诊断公司阅尔基因与同济大学附属上海肺科医院任胜祥教授合作在Nature Communications再次发表重磅研究，介绍了一种多重PCR引物设计的核心算法SADDLE，在大型扩增子法测序panel中首次实现了超低的引物二聚体水平。SADDLE在提高中靶率的同时也降低了测序成本，进一步扩展了相关技术在临床实践中的应用范围。研究背景 高通量测序（NGS）在遗传疾病、肿瘤驱动基因、宏基因组测序以及鉴定病原微生物等多个领域可以帮助研究者高效地获得基因组信息。当关注的基因数目不是很多或者目标区域占基因组的比例不高时，全基因组测序并不是最优选择，使用靶向捕获或者多重PCR建库将是更好的选择。多重PCR方法操作步骤相对简单，对样本的需求量较低，在生命科学研究和临床应用中均具有广泛应用。此外，多重PCR还可以实现相比连接酶方法更高的测序接头（Adapter）连接效率，针对cf......阅读全文
注水算法
迭代注水算法是由Wei Yu提出的，它是一种多用户功率分配算法。这是一种自私算法，当接收端和发送端没有共享信道信息时，它的实现非常简单，复杂度低。但是，当信道上有共享信 息，需要共享信道，这是网络拓扑就会出现远近效应，这就产生了非平衡状态，引起用户间信号干扰，信息传输效率下降。 迭代注水
缺陷检测算法
基本两个步骤：1、缺陷检出，算法较多，本人认为是不变矩阵法和主成分分析法；2、缺陷识别和分类,多数使用BP神经网络进行训练，提高识别率。
基质效应的算法
化学分析中，基质指的是样品中被分析物以外的组分。基质常常对分析物的分析过程有显著的干扰，并影响分析结果的准确性。例如，溶液的离子强度会对分析物活度系数有影响，这些影响和干扰被称为基质效应（matrix effect）。去除方法 目前最常用的去除基质效应的方法是，通过已知分析物浓度的标准样品，同时尽
算法辅助的超多重PCR引物设计实现超低的引物二聚体水平
近日，专注于核酸分子杂交底层技术研发和应用转化的创新型分子诊断公司阅尔基因与同济大学附属上海肺科医院任胜祥教授合作在Nature Communications再次发表重磅研究，介绍了一种多重PCR引物设计的核心算法SADDLE，在大型扩增子法测序panel中首次实现了超低的引物二聚体水平。SADDL
遗传算法 的特点
（1）算法从问题解的串集开始搜索，而不是从单个解开始。这是遗传算法与传统优化算法的极大区别。传统优化算法是从单个初始值迭代求最优解的；容易误入局部最优解。遗传算法从串集开始搜索，覆盖面大，利于全局择优。（2）遗传算法同时处理群体中的多个个体，即对搜索空间中的多个解进行评估，减少了陷入局部最优解的风险
深度学习算法“解密”脑活动
英国《自然·医学》杂志9月25日在线发表的一项研究，报告了一种可以分析四肢瘫痪患者大脑活动的深度学习算法。该算法已被用于向患者的前臂肌肉传递电刺激，从而恢复瘫痪肢体的功能性运动。 慢性瘫痪患者的生活质量可以通过脑机接口加以改善。脑机接口可以将控制运动的中枢神经系统回路和辅助设备（例如计算机光标
AFM海森斑点的算法
King和同事采用一种名为海森斑点的算法解决这个问题。海森斑点算法将尺度空间框架与局部图像曲率值相结合，能够在亚像素精度上正式定义粒子中心和边界。最终产生的粒子边界与用户定义参数相互独立，也不需要对图像进行预处理。他们对不同算法进行了直接比较，发现海森斑点算法能够比传统原子力粒子检测技术更精确地对生
商用密码算法的“中国远征”
起码需要5、6年时间。”一位来自德国的“老标准”给中国密码标准的国际“起步”估了个“时间戳”。那是2015年初，国家密码管理局计划启动SM系列算法的ISO（国际标准化组织）国际标准推进工作。在没有太多经验情况下，希望找到多年从事密码标准工作的国际友人，想摸个底，可前景却不太乐观。 “在ISO这
计算机算法预测分子气味
这不是一件可被嗤之以鼻的事情。计算机破解了一道困扰化学家几个世纪的难题：从分子的结构预测它的味道。这一壮举或许使香水制造商和味道专家得以在试验和错误大大减少的情况下创造新产品。相关成果日前发表于生命科学预印本网站bioRxiv。和结果可通过分析光波长或声音被预测出来的视觉和听觉不同，人类的嗅觉一直很
新算法提升基因融合检测效率
近日，华大基因公开一种基因融合检测算法SOAPfuse。模拟数据和真实验证数据的综合测评表明，该算法具有准确率高、敏感性强、精度高、资源消耗少等优点。该算法主要采用局部穷举算法和一系列精细的过滤策略，从而对基因融合进行快速、精确的检测。相关研究成果在《基因组生物学》（Genome