Nature子刊实验室洞察:高通量蛋白质组学方法学综述

在后基因组时代,蛋白质组学在生物医学研究中发挥着重要作用。2022年8月,Nature子刊《Laboratory Investigation》发表了一篇高通量蛋白组的mini-review,概述了高通量蛋白质组学技术、统计和算法的进展。 蛋白质组学作为蛋白质组实验和数据分析的结合,从整体上分析了蛋白质的组成、结构、表达、修饰状态以及蛋白质之间的相互作用和联系。它为基因组学和转录组学提供补充信息。它对于生成复杂的、相互关联的通路、网络和分子系统的图谱也是至关重要的,这些通路、网络和分子系统直接控制着主要的生命活动,如细胞的增殖、分化、衰老和凋亡。随着过去十年实验技术的大幅提高,蛋白质组学方法已经从传统的免疫组织化学(IHC)染色、western blot和酶联免疫吸附试验(ELISA),发展到高通量的方法,如组织微阵列(TMA)、蛋白质通......阅读全文

Nature子刊实验室洞察:高通量蛋白质组学方法学综述

    在后基因组时代,蛋白质组学在生物医学研究中发挥着重要作用。2022年8月,Nature子刊《Laboratory Investigation》发表了一篇高通量蛋白组的mini-review,概述了高通量蛋白质组学技术、统计和算法的进展。    蛋白质组学作为蛋白质组实验和数据分析的结合,从整

香港学者Nature综述:探讨大规模基因组研究

  近年来经常有人说我们进入了大数据时代,确实,2005年整个人类(据不完全统计)创造了150EB的数据,而在2010年,就达到了1200EB,在生命科学研究领域,随着新一代基因组测序技术的发展,近十年来大规模基因组测序研究越来越多,由此也积累出了庞大的数据群。   数据爆炸使科学的研究方法都落伍

Nature年度技术:定向蛋白质组学

  时近岁末,各大杂志接连进行了年终盘点,此前出版的《Nature》杂志也对2012年进行了回顾,评点了2012年的科技进展,科技政策以及重要人物,中国科学家王俊入选了人物篇。同时《Nature Methods》也盘点了今年与明年的技术热点,选出了2012年度技术成果:定向蛋白质组学(targe

Nature方法:发布蛋白质组检测新技术

  在Fred Hutchinson癌症研究中心癌症蛋白质组学专家Amanda Paulovich博士领导下,一个国际科学家研究小组证实了大规模、标准化蛋白质检测的可行性,这是验证疾病生物标志物和药物靶点的必要条件。   这项在线发表在12月8日《自然方法》(Nature Methods)

蛋白质组学牛人Nature发表重要成果

  第一次结合两种新兴的大规模实验技术:多通道质谱分析法和具有高水平自然遗传多样性的小鼠种群,哈佛医学院(HMS)和Jackson实验室(JAX)的研究人员解决了生物学和医学中一个悬而未决的问题:遗传变异是如何影响蛋白质水平的?  蛋白质是构成所有细胞和生物结构与功能“零件表”的氨基酸链。因此,了解

Nat-Rev-Cancer综述:肿瘤蛋白质基因组学

导 读       肿瘤蛋白质基因组学(Cancer proteogenomics)是将基于质谱(MS)的蛋白质丰度和翻译后修饰(PTM)信息与临床前肿瘤模型和肿瘤样本的基因组、表观基因组和转录组数据相结合的组学技术。基因组学和表观基因组学为解释可能发生的生物过程提供了基础知识,蛋白质组学是对已经发

Nature-Methods-|-朝思暮想:单细胞蛋白质组测序之梦

  近期,Nature Methods 杂志技术编辑Vivien Marx发表文章 A dream of single-cell proteomics,探讨了单细胞蛋白组学的发展,提出了该技术有可能会面对的问题和潜在解决方案。单细胞蛋白质组测序的梦想并不遥远(Credit: S. Larochell

Nature发表细胞代谢最新综述

  癌细胞一直处于细胞代谢研究的中心。尽管基质细胞和免疫细胞能对癌症、炎症和代谢疾病产生重要影响,但这些细胞并没有得到应有的重视。  鲁汶大学的科学家们在本期Nature杂志上发表了一篇综述,系统论述了基质细胞和免疫细胞在健康/疾病状态下的代谢变化,以及代谢对细胞分化和功能的决定机制。文章呼吁研究者

综述:基于质谱技术的糖蛋白质组学与糖组学研究进展

   糖是组成生命体的四大类重要分子之一,糖蛋白质是由糖链与肽链中的特定氨基酸残基以糖苷键共价连接而成的蛋白质。糖蛋白质普遍存在于生物体内,在很多生命过程中起着重要作用,如蛋白质的折叠、细胞之间的相互识别、炎症反应等。同时,糖基化修饰在疾病中,特别是肿瘤的发生、发展和转移过程中也起到重要作用,许多疾

Nature综述:迈向精准医疗的挑战

  斯坦福大学的Euan A. Ashley近日在《Nature Reviews Genetics》发表了一篇综述,探讨了基因组测序的临床应用。这篇文章覆盖了多个话题,从人类参考基因组的种族背景到精准医疗的公众兴趣。他也从技术角度讨论了复杂区域的变异检出。  Ashley认为,基因组学中许多现有的标

Nature综述:被误读的细胞衰老

  衰老(senescence)和老化(ageing)很容易被混为一谈,但科学家们发现它们其实并不是同义词,细胞衰老对生物来说并不一定是负面的。  西班牙国立癌症研究中心(CNIO)的Manuel Serrano指出,细胞衰老这个名词无法准确体现相应的生理过程,需要重新进行定义。Manuel Ser

Nature癌症综述:复制应激与癌症

  基因组的稳定性直接关联到细胞是否发生癌变,而在这其中,DNA复制是最容易发生变化的过程,也是最容易致癌的过程。任何导致DNA损伤高水平发生的条件也都会引发复制应激(replication stress),这是基因组不稳定的来源之一,也是癌变前细胞和癌变细胞的一大标志。  来自西班牙塞维利亚大学的

中科院PI接连发表Nature、Nature综述文章

  中科院“百人计划”,国家杰出青年基金获得者许琛琦研究员主要从事淋巴细胞与疾病等领域的研究,今年其研究组在Nature杂志上发文,通过调节T淋巴细胞胆固醇代谢可以提高细胞膜胆固醇水平,从而促进T淋巴细胞对肿瘤的杀伤,由此发展了一种新的肿瘤免疫治疗方法。同时近期许琛琦研究员也受邀在Nature Re

南京大学院士组9月连发两篇Nature综述

  来自南京大学医学院的刘志红院士是国际著名的肾脏病专家,杰出临床医学科学家,2003年当选为中国工程院院士。近期其研究组接连发表综述性文章,介绍中国的肾脏病现状,以及原发性肾小球肾炎的系统生物学研究方法,相关成果公布在9月的Nature Reviews Nephrology杂志上。   在第

南京大学院士组9月连发两篇Nature综述

  来自南京大学医学院的刘志红院士是国际著名的肾脏病专家,杰出临床医学科学家,2003年当选为中国工程院院士。近期其研究组接连发表综述性文章,介绍中国的肾脏病现状,以及原发性肾小球肾炎的系统生物学研究方法,相关成果公布在9月的Nature Reviews Nephrology杂志上。   在第

Nature综述:如何用CRISPR进行癌症研究

  CRISPR–Cas9系统可以很容易地改写多种生物的基因组,这一技术很快如风暴一般席卷了整个基因组工程领域。可想而知,以CRISPR–Cas9为基础的各种应用也将为癌症遗传学领域带来一场变革。麻省理工霍华德•休斯医学研究所的Tyler Jacks就是这方面的先行者,他去年连发两篇Nature文章

Nature子刊:张锋再发CRISPR综述

  麻省理工学院的张锋(Feng Zhang)博士是近两年大热的CRISPR/Cas9技术的先驱开创者之一。2013年,这位80后的年轻华人科学家开发出了可用来编辑DNA、敲除指定基因的CRISPR/Cas系统,自此之后一直致力于推动这一技术走向完美。  他还与4 位 CRISPR 技术先驱合作创办

Nature综述文章:聚焦CRISPR–Cas系统应用

  麻省理工学院的张锋(Feng Zhang)博士是近两年大热的CRISPR/Cas9技术的先驱开创者之一。2013年,这位 80后的年轻华人科学家开发出了可用来编辑DNA、敲除指定基因的CRISPR/Cas系统,自此之后一直致力于推动这一技术走向完美。  12月10日,张锋博士在《自然综述神经科学

张明杰院士发表Nature综述文章

  来自香港科技大学的研究人员在3月18日的《自然综述神经科学》(Nature Reviews Neuroscience)杂志上,发表了一篇题为“Mechanistic basis of MAGUK-organized complexes in synaptic development and si

Nature以封面综述形式介绍巨噬细胞

  巨噬细胞是造血系统中可塑性最强的一种细胞,所有组织中都有这种细胞,并且其也具有极强的功能多样性。4月25日Nature杂志以“A Cell For All Seasons”为标题在封面上放上了一个蓝色的巨噬细胞图片,并在刊内以综述的形式探讨了巨噬细胞为哺乳动物生理及病理生理适应性所做的贡

Nature以封面综述形式介绍巨噬细胞

  巨噬细胞是造血系统中可塑性最强的一种细胞,所有组织中都有这种细胞,并且其也具有极强的功能多样性。4月25日Nature杂志以“A Cell For All Seasons”为标题在封面上放上了一个蓝色的巨噬细胞图片,并在刊内以综述的形式探讨了巨噬细胞为哺乳动物生理及病理生理适应性所做的贡

诺奖得主发表Nature综述:网格细胞

  2014年诺贝尔生理/医学奖颁给了John O’Keefe,May-Britt Moser和Edvard Moser三位科学家,他们的获奖理由是他们的研究都和大脑定位系统的细胞有关,揭示了大脑中的“GPS”定位和导航系统是如何工作的。  近期May-Britt Moser和Edvard Mose

张锋Nature子刊再发CRISPR综述

  麻省理工学院的张锋(Feng Zhang)博士是近两年大热的CRISPR/Cas9技术的先驱开创者之一。2013年,这位80后的年轻华人科学家开发出了可用来编辑DNA、敲除指定基因的CRISPR/Cas系统,自此之后一直致力于推动这一技术走向完美。  他还与4 位 CRISPR 技术先驱合作创办

Nature系列综述:发烧?你真的了解吗?

  近日,来自Roswell Park Cancer Institute的免疫学家Daniel t. fisher在nature系列综述性杂志nature reviews immunology发表了一篇综述文章,就发烧与机体免疫应答之间关系的研究进展进行了总结讨论,并对机体诱导发烧产热的信号途径进行

蒲慕明院士发表Nature综述解析关键因子

  著名的神经生物学家蒲慕明教授2009年当选美国国家科学院院士,2011年当选中国科学院院士。现任中国科学院上海生命科学研究院神经科学研究所所长,近期他发表了题为“Neurotrophin regulation of neural circuit development and funct

蛋白质组和蛋白质组学分析

 随着人类基因 组计划研究成果的公布,人们对基因的认识逐渐清晰,但基因数量的有限性和基因结构的相对稳定性,与生命现象的复杂性和多样性之间存在巨大反差。如何了解众多的基因与危害人类身心健康的疾病之间的关系,对生命科学研究者来说仍是一项长期而艰巨的任务。因此,作为生命活动的直接承担者――蛋白质,成为后基

Nature:蛋白质组学揭示新冠治疗靶标-抑制病毒复制!

  新冠肺炎已迅速在全球蔓延,对全球公共卫生造成严重威胁并对全球经济造成严重影响。目前针对新冠主要是一些支持性和对症治疗,因此迫切需要开发抑制SARS-CoV-2感染或复制的疗法。尽管SARS-CoV-2与其他冠状病毒有相似之处。但目前仍然缺乏对SARS-CoV-2感染机制的理解以及针对新冠的潜在治

Cell年度综述:癌症基因组入选

  Cell杂志创刊于1976年,现已成为世界自然科学研究领域最著名的期刊之一,并陆续发行了十几种姊妹刊,在各自专业领域里均占据着举足轻重的地位。近期Cell杂志盘点了2013年度最佳综述及最佳论文,其中热门技术CRISPR也登上了榜单,相关论文描述了利用基因调控系统 CRISPR/Cas,一步

细菌基因组DNA提取方法综述

细菌基因组DNA的提取方法综述,提供了5种方法。 1 快速微量提取法A.取1.5ml菌体培养物于一灭菌Ep管中,12000rpm离心1min, 丢去上清夜,收集菌体。B.加入400ul裂解液(40mMTris-醋酸,20mM醋酸钠,1mMEDTA,1%SDS,pH7.8)混匀,置于37oC水浴1hr

综述-|AD的蛋白质组学格局发病机制和生物标志物新见解

  导 读  基于质谱的蛋白质组学使得对阿尔茨海默症(AD)的蛋白质组和蛋白质翻译后修饰(PTM)的深入剖析成为可能。在这里,我们回顾了AD蛋白质组学研究的历史和近期的进展以及局限。作为遗传图谱的补充,蛋白质组学研究不仅验证了典型的淀粉样蛋白和tau通路,而且还发现了蛋白质网络中的新组成部分,如RN