NatureMethods：北大汤富酬团队揭示单个细胞内高阶染色质结构
调控基因组元件的高阶三维(3D)组织为基因调控提供了拓扑基础，但尚不清楚哺乳动物基因组中的多个调控元件如何在单个细胞内相互作用。 2023年8月28日，北京大学汤富酬团队在Nature Methods （IF=48）在线发表题为“scNanoHi-C: a single-cell long-read concatemer sequencing method to reveal high-order chromatin structures within individual cells”的研究论文，该研究开发了scNanoHi-C，它应用纳米孔长读测序来探索单个细胞内全基因组近端高阶染色质接触。 研究表明，scNanoHi-C可以可靠有效地描绘三维染色质结构，并区分单个细胞的结构亚型。该方法还可用于检测基因组变异，包括拷贝数变异和结构变异，以及支撑单细胞基因组的从头组装。值得注意的是，研究结果表明，在整个基因组的活性染色......阅读全文
北京大学汤富酬等团队发布单细胞测序技术最新研究成果
基于第三代测序（TGS）平台的单细胞RNA-seq技术的进步加速了生物学研究。自2016年以来，已经开发了几种基于TGS平台的单细胞RNA-seq方法。由于受到低准确度和灵敏度的限制，它们要么结合基于NGS平台的方法降低错误率，要么通过牺牲通量来提高检测率。 2023年1月11日，北京大学汤富
汤富酬Nature－Cell－Biology发文－揭示人类消化道发育细胞图谱
人类胚胎发育过程中食道、胃、小肠、大肠的细胞类型图谱及其关键生物学特征。 消化系统是人体中最重要的器官系统之一，而消化道作为消化系统最重要的组成部分，其在食物消化、营养吸收、废物排泄、抵抗微生物入侵等多个方面起着极其重要的作用。消化道主要由食道、胃、小肠、大肠组成。揭示这四种器官在人类胚胎发育
汤富酬最新综述：单细胞测序与干细胞
干细胞能够分化成为机体内任何类型的细胞，既是研究人体早期发育的理想工具，也是细胞治疗的宝贵资源。细胞间差异和异质性是干细胞群体固有的基本特性。如果我们对一群细胞进行组学分析，这些关键的信息就会被掩盖。 单细胞测序技术是近几年备受关注的强大工具，可以在同种干细胞中全面剖析细胞异质性，鉴定不同表型
Nature2015最佳评论文章：汤富酬、文路、马晓娅入选
Nature杂志近日展开了一年一度的年终大盘点，评出了2015年的最佳评论文章。本次盘点选入了三名中国学者的两篇文章，他们分别是北京大学的研究员汤富酬和研究员文路，以及云南大学的研究员马晓娅。 汤富酬和文路在这篇文章中重点介绍了Grün等人开发的RaceID的算法，该算法能够在复杂的细胞混合物
北大汤富酬发表表观基因组新成果
表观遗传学修饰可以在不改变DNA序列的情况下调控基因的活性。基因表达在时间和空间上的表观遗传学调控，对于人类发育是至关重要的。近年来，表观基因组已经成为了生物医学领域的一大研究热点。 北京大学的研究团队对早期人类胚胎进行深入研究，获得了胎儿大脑、心脏和肝脏的表观基因组景观。这一成果发表在十二月
北大汤富酬等人揭示人类胚胎发育机制
基因表达图 近日，北京大学研究团队采用先进的单细胞 RNA-Seq 转录组测序技术绘制出了完整的人类植入前胚胎和胚胎干细胞的转录组图谱，这一重要的研究成果发表在9月的《自然结构与分子生物学》(Nature Structural & Molecular Biology)杂志上。 由
北大汤富酬Cell－Stem－Cell点评重编程研究成果
将体细胞重编程为诱导多能干细胞的iPS技术有着广阔的应用前景。但目前人们对iPS体细胞重编程的分子机制还知之甚少。这主要是因为目前iPS重编程的效率比较低，得到的细胞存在很大的异质性。 北京大学生物动态光学成像中心BIOPIC的研究员汤富酬和助理研究员文路在Cell Stem Cell杂志上
北大乔杰、汤富酬、黄岩谊发表环状RNA新成果
早在几十年前，生物学家们就发现了环状RNA。与线性RNA相比，环状RNA受到的关注比较少，一直被认为是剪切过程中发生的错误。随着二代测序的发展，近几年人们意识到环状RNA其实是非常普遍的。这些分子广泛存在于多种生物的细胞中（从古生菌、酵母、小鼠到人类），能够通过不同途径影响基因表达，很可能在细胞
2018单细胞测序盘点：北大汤富酬教授连发11篇论文
单细胞RNA测序技术随着近几年的迅速发展，已在多个领域，从早期胚胎发育到组织和器官发育、以及免疫学和肿瘤学开花结果。 2018年，这一领域国内外成果不断，比如北京大学的汤富酬课题组就接连发表了11篇文章，获得了单细胞测序领域的接连重要成果。 3月，这一研究组与中国科学院生物物理研究所王晓群课
汤富酬－乔杰再发文：绘制人类心脏高精度发育细胞图谱
人类胚胎发育是一个极其复杂的过程，从一个单细胞的受精卵开始，首先经过着床前胚胎发育产生胚内和胚外组织，再到着床后原肠胚阶段三个胚层的特化，进而到器官发生、分化、成熟，及至新生命的诞生。整个两百八十天的胚胎发育过程从一个单细胞受精卵增殖发育形成含有上万亿个细胞的婴儿，期间基因表达受到严密、精准的调
北大汤富酬、乔杰团队Cell－Res表观遗传学新成果
生物通报道：2016年11月8日，国际著名期刊《Cell Research》在线发表了北京大学汤富酬、乔杰团队题为“DNA methylation and chromatin accessibility profiling of mouse and human fetal germ cells”
北大汤富酬、乔杰、付卫Science发表结直肠癌新成果
结直肠癌是胃肠道中常见的恶性肿瘤。基因组不稳定性、表观遗传异常以及基因表达失调是结直肠癌的典型分子特征。以往的单细胞研究只能分别检测基因组、甲基化组或转录组，而不能以单细胞分辨率同时开展多组学研究。 为了更好地了解结直肠癌的发展，北京大学的研究团队开发出一种单细胞测序方法，不仅能够分析单细胞的
北京大学Nature－Methods发布表观遗传重要成果
尽管几乎到处（食物、土壤、牙膏、尤其是自来水中）都存在有氟离子，其对于微生物和细胞具有很强的毒性作用。为了避免死亡，细胞必须清除掉在它们内部累积的氟离子，这一过程是通过离子通道来实现。离子通道指的是穿过细胞膜的一种蛋白质通道，其只允许特异的物质通过。 氟离子通道直到最近才被人发现，一些研究暗示
Cell－Research解析小鼠原肠期胚胎胚层形成的表观遗传规律
细胞命运决定过程的调控机制是哺乳动物胚胎发育研究领域关注的重点。在哺乳动物胚胎发育过程中，具有全能性的合子会依次经过桑椹胚期、囊胚期、原肠胚期等，最终形成能够发挥完整生物学功能的个体。其中，外、中、内三个胚层形成的原肠运动时期对后续胚胎发育蓝图的构建起着至关重要的作用。 表观遗传调控在哺乳早期
北大汤富酬课题组发表单细胞表观多组学测序技术新成果
2017年6月16日，北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Single-cell multi-omics sequencing of mouse early embryos and embryonic stem cells”的研
李劲松/陈子江/汤富酬实现核移植扩增人源精子的新方法
哺乳动物单倍体胚胎干细胞（haESCs）由于仅存在一组遗传物质，因此是进行遗传分析的理想工具。重要的是，当与CRISPR-Cas9技术结合使用时，雄激素性haESC（AG-haESCs）可以用作精子的替代品，并在生物水平上用于破译基因功能。然而，迄今为止，只能在啮齿动物中获得AG-haESCs
北大汤富酬团队首次在单细胞水平上从头组装人类基因组
基因组组装受益于具有更高准确性和更高连续性的长读长测序技术。然而，大多数人类基因组组装需要来自同质细胞系的大量 DNA，而不会保持细胞异质性，因为细胞异质性会严重影响单倍型组装结果。 2022年7月12日，北京大学汤富酬团队在Nucleic Acids Research （IF=19）在线发表
研究揭示骨关节炎基因治疗的关键分子靶标
骨关节炎是与机体衰老密切相关的退行性骨关节病，严重影响老年群体的生活质量。对于骨关节炎患者，目前尚无安全有效的治疗方法。间充质干细胞的衰老和耗竭被认为是骨关节炎的主要诱因之一。因此，揭示间充质干细胞衰老的分子机制将为有效干预骨关节炎提供线索和靶标。 中国科学院生物物理研究所刘光慧研究组、北京大
华人学者Nature－Methods发布单细胞测序重要工具
新一代测序技术（NGS）大大增进了我们对疾病（比如癌症）的理解。不过NGS的研究对象是细胞群体，会掩盖细胞之间的异质性。正因如此，单细胞测序（SCS）技术受到了越来越多的关注。 德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员开发了首个用于单细胞DNA测序的突变检出程序，Monovar。这一重要成果发
刘光慧/汤富酬/曲静在骨关节炎基因治疗获新进展
细胞衰老和干细胞耗竭作为机体衰老的重要标志，是驱动老年疾病发生发展的重要因素【1】。骨关节炎是一种常见的衰老相关疾病，其发病率随年龄增长而逐渐增加。伴随着衰老，关节内的多种细胞，如软骨细胞、滑膜细胞、间充质干细胞均发生细胞衰老及功能退化。其中，间充质干细胞的衰老被认为是骨关节炎发病的重要诱因之一
单细胞测序这样的高通量技术的优势具体体现在哪里
单细胞全基因组测序主要应用于肿瘤发生机制及胚胎发育研究。单细胞转录组分析可以在全基因组范围内挖掘基因调节网络，尤其适用于存在高度异质性的干细胞及胚胎发育早期的细胞群体。2017年6月16日，北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Sin
单细胞测序这样的高通量技术的优势具体体现在哪里
单细胞全基因组测序主要应用于肿瘤发生机制及胚胎发育研究。单细胞转录组分析可以在全基因组范围内挖掘基因调节网络，尤其适用于存在高度异质性的干细胞及胚胎发育早期的细胞群体。2017年6月16日，北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Sin
单细胞测序这样的高通量技术的优势具体体现在哪里
单细胞全基因组测序主要应用于肿瘤发生机制及胚胎发育研究。单细胞转录组分析可以在全基因组范围内挖掘基因调节网络，尤其适用于存在高度异质性的干细胞及胚胎发育早期的细胞群体。2017年6月16日，北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Sin
单细胞测序这样的高通量技术的优势
单细胞全基因组测序主要应用于肿瘤发生机制及胚胎发育研究。单细胞转录组分析可以在全基因组范围内挖掘基因调节网络，尤其适用于存在高度异质性的干细胞及胚胎发育早期的细胞群体。2017年6月16日，北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Sin
刘光慧研究员Cell发布早衰研究重要发现
来自中国科学院生物物理研究所、美国国立卫生研究院的研究人员，开发出了一种基于细胞的高通量、高内涵成像小干扰RNA（siRNA）筛选方法，利用这一系统确定了抗氧化NRF2信号通路是早年衰老综合症（HGPS）的一个驱动机制。这项重要的研究发布在6月2日的《细胞》（Cell）杂志上。 中国科学院生物
北大科学家解析小鼠着床前胚胎中的单碱基分辨率5fC谱图
2017年3月23日，北京大学BIOPIC中心汤富酬课题组与生命科学学院伊成器课题组合作在《Cell Stem Cell》杂志上发表了题为“Single-Cell 5-Formylcytosine Landscapes of Mammalian Early Embryos and ESCs at
《自然—方法学》年度方法：单细胞测序
2014年1月《自然—方法学》(Nature Methods)上发表年度特别报道，将“单细胞测序”(Singled out for sequencing)的应用列为2013年度最重要的方法学进展。 近几年来，基于单细胞测序技术的科学研究取得了突飞猛进的发展，其成果有望为一些重
《Science》发表北京大学生命科学学院研究新发现
Science杂志在线发表了北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬实验室、中科院生物物理所刘光慧实验室、以及Salk研究所Juan Carlos Izpisua Belmonte实验室在干细胞衰老机理方面的一项突破性的研究成果。该研究结合多能干细胞定向分化技术、基因组靶向编辑技术、以及表
中外牛人眼中的生物技术前沿
今年三月Nature Biotechnology就满二十了。该杂志近日推出周年特刊对生物技术领域的发展进行了回顾和展望，还邀请相关领域的五十名杰出研究者，分享他们眼中最激动人心的前沿研究以及最受期待的技术。 秦钧（Jun Qin）：蛋白质组学最激动人心的前沿是，从穿刺活检样本鉴定一组蛋白，在3
《Nature－Methods》大脑地图图解
多年来，出现了多种“大脑地图”，每一种都关注不同的大脑过程，从新陈代谢到认知功能。虽然这些地图很重要，但单独使用它们会限制研究人员从中得出的发现。 现在，来自蒙特利尔神经学研究所的一个团队和其他研究人员在一个地方汇集了40多张现有的大脑地图。这个被称为神经图谱的数据库有望帮助科学家发现不同大脑