科学家绘制细胞游离DNA单分子全基因组突变图谱
体细胞突变是肿瘤发生的标志，可用于癌症的无创诊断。美国约翰·霍普金斯大学医学院绘制细胞游离DNA单分子全基因组突变图谱，用于癌症无创检测。该研究成果于近日发表在《Nature Genetics》杂志上，题为：Single-molecule genome-wide mutation profiles of cell-free DNA for non-invasive detection of cancer。 研究人员分析了泛癌症全基因组分析（Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes，PCAWG）研究中2511人的全基因组测序数据，以及4个前瞻性队列中489人的全基因组测序数据。他们发现，癌症患者组织和细胞游离DNA不同区域突变的特异性频率及复制时间与其他染色质特征相关。研究人员训练了一个机器学习模型，将全基因组突变图谱与其他特征相结合，并导入已通过CT成像检测出肺癌的I期和II期患者结果。经在......阅读全文
昆虫全基因组DNA的提取
实验概要利用改进的CTAB 法提取昆虫全基因组DNA。主要试剂1. 蛋白酶K[美国Merck公司]2. 三羟甲基氨基甲烷(Tris)[美国Amresco公司]3. Taq DNA聚合酶及dNTP[NEB公司]4. 琼脂糖及溴化乙锭(EB)[美国Amresco公司生产]5. 乙二胺四乙酸钠(Na2ED
单头昆虫基因组DNA的提取
实验概要一种简单快速提取单头小型昆虫基因组DNA的方法。主要试剂1. 蛋白酶K[美国Merck公司]2. 三羟甲基氨基甲烷(Tris)[美国Amresco公司]3. Taq DNA聚合酶及dNTP[NEB公司]4. 琼脂糖及溴化乙锭(EB)[美国Amresco公司]5. 乙二胺四乙酸钠(Na2EDT
Science：单分子实时观测DNA复制
由于DNA长链常常出现单个碱基的缺失或是损伤，因此DNA损伤相当常见，每天每个细胞大约有100万个分子损害。这些损伤可以造成DNA复制过程停滞，从而导致细胞死亡。为了避免它，细胞利用几个信号通路来绕过损伤继续DNA复制过程。近日来自西班牙巴塞罗那大学的研究人员利用一些单分子操纵技术在体外重现了其
分子遗传学词汇单链DNA
中文名称：单链DNA外文名称：single－stranded DNA定义：大部分DNA以双螺旋结构存在，但一经热或碱处理就会变为单链状态。
单分子测序轻松升级参考基因组
现代基因组学的最大需求之一，就是得到人类和模式生物的高质量完成基因组。目前，人们利用二代测序技术对越来越多的物种(从原核生物到真核生物)进行了基因组测序，取得了许多重要的研究成果。 不过大部分物种的基因组还中存在有大量的缺口gap，就目前的数据来说，各种已测序物种的基因组中缺口gap所占的
分子的重复机制全基因组复制
又称多倍性，是减数分裂不分离导致整个基因组复制的现象。多倍体在植物中很常见，但动物上也发生过 [3] 。全基因组复制会使得许多其它基因最终丢失，返回到单一状态。然而，许多基因的保留导致了适应性创新。多倍体也是众所周知的物种形成的一个来源，因为具有与亲本物种不同染色体数目的后代通常不能与非多倍体生物
从全血中纯化基因组－DNA－实验方法
试剂、试剂盒 乙醇异丙醇RNA 酶 A全血仪器、耗材 琼脂糖凝胶电泳离心管Wizard 基因组 DNA 纯化试剂盒实验步骤 一、材料1. 缓冲液、溶液和试剂乙醇，70%，室温异丙醇, 室温RNA 酶 A将 RNA 酶 A 溶解于 DNA 再水合液中至终浓度为 4 mg/ml, 煮沸 10min 以去
从全血中纯化基因组－DNA－实验方法
试剂、试剂盒 乙醇 异丙醇 RNA 酶 A 全血 仪器、耗材 琼脂糖凝胶电泳
从全血中纯化基因组－DNA－实验方法
用于从全血（10 ml) 中分离基因组 DNA 的 Wizard 基因组 DNA 纯化试剂盒建立在一个四步程序基础上的。纯化程序的第一步包括血红细胞的裂解、可溶部分的弃除，随后是白细胞及其细胞核的裂解。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。试剂、试剂盒乙醇异丙醇RNA 酶 A
Cell：单分子测序揭示惊人的基因组重排
科学家们发现，生活在池塘里的单细胞生物Oxytricha trifallax有一种非凡的能力，它们能在交配时将DNA打碎并快速重排这些片段。这项研究发表在上一期的Cell杂志上。 Oxytricha的基因重排是一个非常精密的过程，“这是大自然早期一种的复杂化尝试，”文章的资深作者，Prince
单分子测序改善微生物基因组组装
美国国家生物防卫分析和反制中心的研究人员近日在《Genome Biology》上发表文章，介绍了SMRT技术在微生物基因组组装上的应用。他们认为，单分子测序数据能降低测序费用，并带来更多完整的基因组，改善微生物基因组数据库的质量。 随着测序费用的不断下降，测序项目的数量也在不断上升。G
Cell：单分子测序揭示惊人的基因组重排
科学家们发现，生活在池塘里的单细胞生物Oxytricha trifallax有一种非凡的能力，它们能在交配时将DNA打碎并快速重排这些片段。这项研究发表在上一期的Cell杂志上。 Oxytricha的基因重排是一个非常精密的过程，“这是大自然早期一种的复杂化尝试，”文章的资深作者，Prince
分子遗传学词汇单链DNA结合蛋白
中文名称：单链DNA结合蛋白外文名称：Single-stranded DNA-binding protein定义：单链DNA结合蛋白（Single-stranded DNA-binding protein，缩写SSB或SSBP）又称单链结合蛋白，是专门负责与DNA单链区域结合的一种蛋白质，为DNA复
掌握DNA分子的“车流速度”－单分子操作实现近乎完美控制
瑞士洛桑联邦理工学院（EPFL）研究人员多年来致力于改进纳米孔技术,该技术可让DNA分子通过膜上的小孔以测量离子电流,研究人员则可以通过分析核苷酸在电流通过时的扰动情况,来确定DNA的核苷酸序列。该研究19日发表在《自然·纳米技术》上。 分子的快速运动使得对其实现高精度分析具有挑战性。EPFL
Illumina推出Nextera－DNA－Flex全基因组测序制备产品
近日，Illumina宣布推出一款全新的全基因组测序(WGS)文库制备产品——Nextera DNA Flex，它让全血和唾液样本省去了样本制备，也让文库制备流程跳过了一些繁琐步骤，比如DNA的机械片段化、定量和归一化。Nextera DNA Flex提供了一个快速、整合的流程，适合广泛的应用，
定位全基因组范围DNA修复的新方法
北卡罗来纳大学的研究人员近日开发出一种全基因组范围的测序分析，可定位DNA切除修复。这种被称为切除修复测序（XR-seq）的方法发表在新一期的《Genes & Development》杂志上。 这项研究的通讯作者是北卡罗来纳大学医学院生物化学及生物物理系的Aziz Sancar以及芝加哥大学人
谢晓亮：当单分子遇上基因组学
当单分子遇上基因组学，它们会擦出什么样的火花？著名华人学者谢晓亮（Sunney Xie）博士围绕这个话题，在《美国医学会杂志》（JAMA）上发表了文章。谢博士现任哈佛大学化学及化学生物学系教授，也任北京大学生物动态成像中心主任。 谢博士写道，单分子成像和操作的进步导致了单分子生物学的出现。由于
单分子遇上基因组学：会擦出什么火花
当单分子遇上基因组学，它们会擦出什么样的火花?著名华人学者谢晓亮(Sunney Xie)博士围绕这个话题，在《美国医学会杂志》(JAMA)上发表了文章。谢博士现任哈佛大学化学及化学生物学系教授，也任北京大学生物动态成像中心主任。 谢博士写道，单分子成像和操作的进步导致了单分子生物学的出现。由于
Nature：用于蛋白质分析的单分子DNA技术
George Church 及同事开发出用于并行蛋白相互作用分析、借助用于蛋白功能分析的单分子DNA方法的一个“单分子相互作用测序”(SMI-seq)技术。 SMI-seq的工作原理是，通过核糖体显示或酶结合将蛋白耦合到DNA识别符或“条码”上。 这些条码化的蛋白然后在水溶液中被一起分析，并
《科学》：新型单分子DNA测序仪研制成功
新发现朝1000美元/人的宏伟基因组测序计划迈近了坚实一步 美国Helicos BioSciences公司研究人员近日称，他们开发出了一种新型的测序设备——单分子DNA测序仪(single-molecule DNA sequencers)。该仪器能够“阅读”单分子DNA的单个碱基。相关研究文章发表
“DNA损伤单分子偏振成像检测装置研制”项目通过验收
12月9日，中国科学院计划财务局组织专家对生态环境研究中心汪海林研究员承担的“DNA损伤单分子偏振成像检测装置研制”项目进行现场验收。验收组专家听取了项目组的工作报告、使用报告、财务报告、测试组的测试报告，现场检查了实验装置的运行情况，审核了相关档案材料，经提问和讨论，验收专家组认
马铃薯单倍型DM基因组全序列完成图组装成功
中国农业科学院蔬菜花卉研究所马铃薯遗传育种与栽培创新团队和蔬菜分子设计育种创新团队，对马铃薯单倍型DM的基因组进行了全序列组装，获得了包含24个端粒和12个着丝粒完整序列的马铃薯单倍型DM的端粒到端粒（T2T）的基因组完成图（DM8.1），并在之前马铃薯基因组未能完整组装的高度重复序列区域中，发现了
从全血和体液中提取基因组DNA的操作步骤
提取DNA需要的仪器和试剂： ⑴ 1.5ml 离心管⑵ 移液管: 1000μl, 200μl, 40μl 各一支和移液管尖头: 100-1000μl, 1-200μl 各一盒⑶ 微型滤柱（备用）⑷ 小型旋转混合器一台⑸ 小型离心机: 可放入1.5ml 离心管和2ml收集管.⑹ 恒温水浴⑺ 电冰箱:
从全血中提取基因组DNA用到各试剂的作用
全血基因组DNA提取试剂盒（离心柱型）作用原来具体是这样的：独特的结合液/蛋白酶K迅速裂解细胞和灭活细胞内核酸酶,然后基因组DNA在高离序盐状态下选择性吸附于离心柱内硅基质膜,再通过一系列快速的漂洗－离心的步骤,抑制物去除液和漂洗液将细胞代谢物,蛋白等杂质去除,最后低盐的洗脱缓冲液将纯净基因组DNA
第三代基因组测序仪实现单分子速读
第三代基因组测序仪实现单分子速读在上周末于美国佛罗里达州马可岛召开的“基因组生物学与技术进展大会”上，来自加利福尼亚门洛帕克市的太平洋生物科技公司介绍了其研制的第三代基因组测序仪，该测序仪实现了一次标记一个分子式的单分子速读。研究人员指出，第三代测序仪的关键优势是能够对单个DNA（脱氧核糖核酸）分子
第三代基因组测序仪实现单分子速读
第三代基因组测序仪实现单分子速读在上周末于美国佛罗里达州马可岛召开的“基因组生物学与技术进展大会”上，来自加利福尼亚门洛帕克市的太平洋生物科技公司介绍了其研制的第三代基因组测序仪，该测序仪实现了一次标记一个分子式的单分子速读。研究人员指出，第三代测序仪的关键优势是能够对单个DNA（脱氧核糖核酸）分子
第三代基因组测序仪实现单分子速读
在上周末于美国佛罗里达州马可岛召开的“基因组生物学与技术进展大会”上，来自加利福尼亚门洛帕克市的太平洋生物科技公司介绍了其研制的第三代基因组测序仪，该测序仪实现了一次标记一个分子式的单分子速读。研究人员指出，第三代测序仪的关键优势是能够对单个DNA（脱氧核糖核酸）分子进行测序，而目前市场上的主流测序
将DNA导入酵母细胞实验_单链高分子质量载体DNA的制备
实验材料待转化的酵母菌株试剂、试剂盒 DNA (从鲑鱼精巢制备的DNA III型钠盐 Sigma #D1626)l×TE缓冲液 pH 8.0 缓冲液平衡酚1: 1 (W)酚 氯仿氯仿3 mol L 乙酸钠 pH 5.2100%乙醇 冰冷仪器、耗材超声波发生器实验步骤1) 将DNA溶于pH 8.0的1
单分子阀门－实现纳米通道中的单分子流动
科学界设想利用微小的分子作为构建物体的基础元素，类似于我们用机械部件组装东西的方式。然而，挑战在于分子非常小，大约是一个垒球大小的一亿分之一，而且它们在液体中会随机移动，使得控制和操纵它们成为一种单一的形式很困难。为了克服这一障碍，能够通过非常狭窄的通道（尺寸类似于百万分之一根吸管）输送分子的"纳米
OPGEN全基因组图谱应用系列——鞭虫全基因组测序
鞭虫是一种常见的土壤传播寄生虫，地理分布广，感染率高，寄生于人体盲肠，导致人体慢性感染，对人类危害巨大。鞭虫的全基因组测序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，发表在世界顶级期刊《Nature Genetics》上。该研究通过对2种不同