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纳米孔尺度对DNA输运速度的影响

图一:实验示意图 图二:分子动力学仿真模型示意图 基于纳米孔单分子传感器的第三代DNA测序技术,因其低成本,高通量等优势很有可能成为人类测序史上的创举。最近的一项研究发现,DNA在穿过10.8纳米的纳米孔道时的速度比穿过4.8纳米的纳米孔的速度降低了一倍,这对于实现DNA减速及单碱基精准测序意义重大。 这篇名为“氮化硅纳米孔尺度对poly(dT)30单链DNA过孔信号的影响机理”的研究论文发表于《中国科学:技术科学》英文版2013年第10期,从实验(图1)和理论(图2)上解释了DNA穿过大孔的输运速度较小孔慢的原因,由东南大学江苏省微纳生物医疗器械设计与制造重点实验室陈云飞教授担任通讯作者,其博士生司伟撰写。 自2006年公布了人类第一号染色体的基因测序图之后,基因测序技术继续不断发展成熟,然而距离1000美元24小时测序的目标还存在一定距离。其中主要原因之一是DNA在纳米孔测序时的过孔速度极快,甚至达到10......阅读全文

1.39亿美元!全球测序巨头Oxford Nanopore获知名机构投资

  牛津纳米孔总部位于英国,公司研发、生产和销售世界上唯一的便携式、实时DNA/RNA测序仪。此次募得资金主要用于公司下一阶段的业务扩张,其中,包括在牛津建设一个全新的、高产能的生产基地,以满足市场对牛津纳米孔测序仪产品日益增长的需求;以及扩大服务位于全球70多个国家客户的市场和销售团队。  同时,

基因测序新贵在专利诉讼期间发布新技术

面对启迪公司的诉讼,牛津纳米孔技术公司表示,这种名为CsgG的微小孔隙是其新设备的基础。  首创了一种名为纳米孔测序的新DNA分析技术的英国牛津纳米孔技术公司,对其产品的核心部分一直守口如瓶。不过,紧随一项来自测序行业巨头——启迪公司的专利侵权诉讼,该公司揭示了驱动其最新设备的东

如何让DNA测序的成本更低?PNAS又出新招

  在个性化医学中,医生可以快速收集到患者DNA序列中的变化,并确定最合适的治疗方案。然而,当前利用下一代测序技术来阅读DNA序列所需的成本仍很昂贵,并且需要具备精良的仪器设备。如今,哈佛大学Wyss研究所的Church研究团队开发出了一种基于生物工程纳米的新型电子DNA测序平台,该平台可以克服二代

基因测序新贵在专利诉讼期间发布新技术

  首创了一种名为纳米孔测序的新DNA分析技术的英国牛津纳米孔技术公司,对其产品的核心部分一直守口如瓶。不过,紧随一项来自测序行业巨头——启迪公司的专利侵权诉讼,该公司揭示了驱动其最新设备的东西,即一种看上去巧妙避开了启迪公司挑战的细菌孔。  同此前方法相比,纳米孔测序在分析DNA方面更加便捷和廉价

人类科学的又一大步:纳米技术完全测序人类X染色体

  人类基因组计划启动于1990年,如今已匆匆过去30年光景。从2000年人类基因组草图宣告完成后的二十年间,人类参考基因组不断更新迭代。即便如此,其中依然存在数以百计的空缺,尚无一条染色体被真正完成 [1]。  如今,科学家首次完成了一条 “从头到尾” 真正完整的人类染色体测序。7月14日,《自然

第三代高通量测序技术简介——纳米孔

    第一代Sanger法为DNA测序打开了大门,但它高昂的费用限制了在大规模测序工程上的使用。当今发展迅猛的第二代高通量测序设备,包括Illumina的Solexa、Roche 454系列以及ABI的SOLiD系统等,使测序费用大幅降低到60-1美元/megab

NIH 1450万美元资助新一代基因测序技术研究

  美国国立卫生研究院(NIH)近日宣布,它将向开发新型测序技术的8支研究团队资助1450万美元。NIH将利用这些资金支持多种技术,包括纳米孔测序技术和微流体技术,资助时间为两年到四年。  这一资助属于国家人类基因组研究所(NHGRI)的先进DNA测序技术项目(Advanced DNA Sequen

Nature Methods:放在背包里的测序仪

  人们盼星星、盼月亮,总算等到了纳米孔测序仪开放试用。如今,1000多个实验室测试了MinION测序仪,并发表了结果。他们在这一期的《Nature Methods》上介绍了他们的使用体会。而更多的产品也在开发之中。  纳米孔(nanopore)技术让核酸分子穿过直径只有几纳米的孔而确定其序列。这个

微流控技术在即时诊断中的应用

  即时诊断(Point of care technology,POCT或称床边诊断)是现代生物化学分析应用的主要亮点之一。POCT的原始含义是指在病人身边直接进行诊断的一种技术,广义的POCT仪器需直接置于家庭、社区、事故灾害现场或资源匮乏地区的被检对象身边,满足突发事件或公共健康需求。  早在本

新突破!掌上测序仪首次完成人类全基因组测序

  最近,英国牛津大学(Oxford University)Wellcome Trust人类遗传学中心(Wellcome Trust Centre for Human Genetics)和在基因组分析领域领先的英国公司Genomics plc宣布,首次使用掌上纳米孔测序仪完成了多个人类全基因组测序和

详解牛津纳米孔测序仪

 牛津纳米孔测序仪在美国人类遗传学学会年会上公布技术参数  2014年的ASHG年会于10月18日开始在圣地亚哥举行,有幸亲眼目睹了牛津纳米孔公司MinIon的现场演示,技术之创新,令人震惊!21日下午,牛津纳米孔公司特地在旁边的Hardrockho举行了一个小型的封闭式的技术说明会,讲解

2013值得关注的技术:纳米孔测序仪

  《Nature Methods》杂志将2012年度技术授予了定向蛋白质组学(targeted proteomics)。同时,杂志还介绍了2013年值得关注的技术,包括纳米孔测序仪(Disruptive nanopores)、微生物组功能研究(Probing microbiome func

GEN:纳米孔测序——传染病诊断的新“前锋”

  假设你是Doctors Without Borders组织中在西非工作的一名医生,一个发热、头疼、疲劳的小孩被带进你的诊所。根据当地的环境和季节,最可能被诊断出的就是疟疾或埃博拉。然而,这两种疾病都不能给病人一个积极的预后。埃博拉病毒能够快速传播给其他人,需要将患者尽快隔离。  这种情况下,确诊

三分钟了解4代基因测序技术

  基因检测技术是近年来伴随“精准医疗”概念的提出而迅速发展起来的一门科学技术,它可以从基因组机制上阐释遗传学、发育生物学、进化生物学等学科的经典概念,在全基因组水平延伸了染色体高级构象、细胞异质性、功能模块等新概念,为精准医学开辟了应用性新领域。  近年来,随着分子水平的基因检测技术平台不断发展和

Nature 子刊:第三代测序技术或将迎来新升级

  第三代测序技术,即单分子测序技术,又称纳米孔测序,以美国太平洋生物(Pacific Biosciences)的 SMRT 技术为代表。DNA 测序时,不需要经过 PCR 扩增,实现对每一条 DNA 分子的单独测序。  SMRT 测序面临的一个挑战是将更长的 DNA 分子放入 100 纳米大小的零

【罗氏诊断】讲个故事:大Boss的春天在哪里

辉煌过没落了,飘荡着忧伤;虽有希望,但罗氏面前,迷雾重重。 辉煌与没落 2013年10月,罗氏悄悄地启动454 Life Sciences关闭进程:130名雇员的解聘将在2014-2016年内逐步进行,2015年454测序仪生产计划完成后 ...   辉煌过没落了,飘荡着忧伤;虽有希望,但罗氏面前,

融资频频 从华大智造大额融资解析国产测序市场

  短短一个月内,齐碳科技、华大智造、塞纳生物先后宣布完成融资。国产基因测序仪再一次冲上了医疗健康领域的热点话题。  多年来,测序仪行业一直处在少数几家国外巨头的垄断之下。华大智造近两年的频繁动作虽然吹响了国产测序仪反攻的号角,但是从目前的市场占有率上看,想要最终实现进口替代,可能还需要些时间。  

微电子所基于纳电子的DNA测序文章被选为封面文章

  日前,中科院微电子研究所纳米加工与新器件集成技术研究室博士后何毓辉基于纳电子的DNA测序科研文章Differential conductance as a promising approach for rapid DNA sequencing with nanopore-embe

第十二届全国分析化学年会大会报告集锦(一)

  2015年5月8日-11日,第十二届全国分析化学年会在美丽的武汉洪山大礼堂举办,本次会议由中国化学会和国家自然科学基金委主办、华中师范大学承办,会议每三年一次,旨在交流与探讨分析化学学科的新成就、新进展和新技术。本次会议吸引到分析化学领域的院士、专家、学者2000余人。  5

DNA-二氧化硅固态纳米孔实现精确制备

  中科院上海应用物理研究所研究员樊春海与合作者提出了一种框架核酸诱导的团簇预水解策略,将经典硅化学引入DNA结构体系, 成功实现了精确可控的DNA-二氧化硅固态纳米孔制备。该成果于北京时间7月17日凌晨在线发表于《自然》杂志。  近年来,科学家提出了一种全新的DNA自组装方法——DNA折纸技术,即

Science及Nature共述:口袋里的DNA测序仪,可实时诊断

  纳米孔测序的想法起始于25年前, 2012年5月4日《Science》首次报道了Oxford Nanopore公司研制的纳米孔测序仪样机——MinION,用于破译病毒DNA。然而MinION的发展历程并不那么顺利,英国牛津大学基因组学中心基因组学家Rory Bowden说,“众所周知,在每次读取

手持基因测序仪问世 仅手机大小

   康涅狄格州立大学的研究人员通过使用一种比手机还要小的手持测序仪,对自然界中已知的最复杂基因的RNA进行了测序。  当一个DNA链穿过纳米孔测序仪MinION时,MinION可以“看见”五个核苷酸。五个核苷酸一组会生成一个特征电流,使MinION可以连续读出DNA编码。  如果说DNA是生命模板

关注前沿测序技术

关注前沿测序技术:研究生发现更全面测序方法 来自韩国延世大学(Yonsei University) ,南加州大学USC生命科学学院分子与生物信息学课题组的生物学家发展了一种能对一个生物体全部染色体进行测序的新方法,这一研究方法发表在《Genome Research》杂志上。 原文检索:Genom

第三代测序领军人物开发新的单分子工具

  最近,来自美国华盛顿大学(UW)和Illumina公司的一组科学家,开发出了一种创新性的工具,可直接检测DNA和酶蛋白之间微妙的单分子相互作用。他们的方法提供了一个新的平台,可与实时地观察和记录这些纳米级的相互作用。相关研究结果发表在九月二十八日的《Nature Biotechnology》,研

上海应物所等在DNA折纸单分子反应中发现分子穿越现象

  近日,中国科学院上海应用物理研究所物理生物学研究室与上海交通大学生物医学工程院合作,在DNA折纸单分子反应的研究中获得了重要进展,研究论文Molecular Threading and Tunable Molecular Recognition on DNA Origami N

年终盘点:2016年国内不容错过的重磅生物研究

  时间总是过得很快,2016年马上就要过去了,迎接我们的将是崭新的2017年,2016年,我国有很多优秀科研机构的科学家们都做出了意义重大、影响深远的研究成果,发表在国际顶级期刊上。本文中小编盘点了2016年我国科学家发表的一些重磅级研究,以饕读者。   --结构生物学 --  1.清华大学 施一

新成果或大幅降低测序成本

  华东理工大学龙亿涛课题组在生物纳米孔超灵敏单核苷酸分辨领域取得独创性突破,实现了对仅有单个核酸长度差异DNA分子的超灵敏电化学检测,并成功地应用于实时观测核酸外切酶“分步降解”单链DNA的过程。相关研究成果于4月25日作为首页文章发表于《自然—纳米技术》。  DNA测序能通过血液或唾液分析测定基

基因测序技术引发专利官司

  两家企业围绕英国牛津纳米孔技术公司研发的紧凑型纳米孔测序设备大动干戈。图片来源:nanoprotech.com  一种价格低廉、方便携带的DNA测序方法,即纳米孔测序正待起飞,但该技术已经引发一家产业巨头和一家备受瞩目的创业公司之间的法律战争。近日,控制着基因测序产业的亿明达公司对牛津纳米孔技术

Nat Methods发布新的DNA测序技术

  最近,英国诺丁汉大学的科学家们首次证明,我们有可能实时地、有选择性地测定DNA序列片段,从而大大减少了分析生物样品所需的时间。  在Nature子刊《Nature Methods》上发表的一篇论文,描述了一种新的技术,可高度选择性的进行DNA测序,这种技术被称为“'Read Until”。这种方

碳纳米管创造人工细胞膜通道 有望实现精确治疗

          据科学日报报道,近日由美国劳伦斯利弗莫尔国家实验室的科学家带领的科研小组创造了一个包含短碳纳米管的离子通道,后者可以被插入合成磷脂双分子层或者活的细胞膜以形成小的孔,用于传输水、质子、小型离子和DNA。  这些