一颗臼齿测出迄今最古老人类基因组

在近日于墨西哥巴亚尔塔港举行的2024年分子生物学和进化学会（SMBE）年会的一场会议上，德国马克斯-普朗克进化人类学研究所群体遗传学家Stéphane Peyrégne，报告了从20万年前男性身上发现的新的丹尼索瓦人基因组。该基因组是迄今最古老的高质量人类基因组，比之前的纪录保持者——生活在大约12万年前的尼安德特人还要早8万年。

这是14年前发现神秘古人类——丹尼索瓦人以来，研究人员通过骨骼化石发现的第二个基因组。第一个丹尼索瓦人基因组来自一个8万年前到6万年前女孩——丹尼索瓦3的小指骨。

丹尼索瓦人和尼安德特人的基因组来自同一个寒冷且化石丰富的地区——位于西伯利亚阿尔泰山脉的丹尼索瓦洞穴。

研究人员主要是通过DNA来了解丹尼索瓦人的。除丹尼索瓦3的基因组外，研究人员还从另外7个个体零碎牙齿、脚趾骨化石中，获得了核DNA和线粒体DNA片段。而这些化石都来自丹尼索瓦洞穴。

研究人员还在现在的巴布亚人和汉族人等体内发现了一些丹尼索瓦人的DNA，这些DNA是从过去的杂交繁衍中获得的。

丹尼索瓦洞穴的挖掘工作一直在持续，俄罗斯科学院（RAS）考古学家Maxim Kozlikin在丹尼索瓦洞穴20万年前的沉积层发现了一颗男性臼齿。RAS团队将其送往马克斯-普朗克研究所。在那里，进化遗传学家提取了足够的DNA，使基因组测序覆盖度达24倍，发现其不属于已测序的基因组。于是Peyrégne和同事在计算生物学家Janet Kelso的实验室，将新的DNA序列与尼安德特人、其他丹尼索瓦人和现代人的DNA序列进行比较。

根据Peyrégne和同事的分析，这名丹尼索瓦男性——丹尼索瓦25来自一个与丹尼索瓦3不同的早期丹尼索瓦人群体。他还从一个古老的、此前未知的尼安德特人群体中继承了5%的基因组，表明丹尼索瓦25所在群体被后来的群体取代。数据还表明，丹尼索瓦25的祖先曾多次与尼安德特人交配繁衍。

从中国发现的一块下颌骨化石表明，丹尼索瓦人臼齿比尼安德特人更大，下面部很结实。但由于化石稀少，没有人知道丹尼索瓦人到底长什么样。

Peyrégne介绍，根据大约12万年前的化石，丹尼索瓦人在洞穴中显然被尼安德特人取代了一段时间。到大约6万年前，丹尼索瓦人搬了回来。因此这两个群体甚至可能在洞穴里见过面。一名5万年前女性骨骼化石的DNA显示，她的母亲是尼安德特人，而父亲是丹尼索瓦族人。DNA和化石证据都表明后来现代人类占领了这个洞穴，丹尼索瓦人和尼安德特人消失了。Peyrégne说，该地区是各种人交汇的“十字路口”。