上科大水雯箐博士：DIA常用软件及分析流程|WeOmicsG21

Professor, ShanghaiTech University

申华莉，Huali Shen，复旦大学生物医学研究院研究员，博士生导师

Professor, Institute of Biomedical Sciences Fudan University

常乘，Cheng Chang，国家蛋白质科学中心副研究员

Professor, National Center for Protein Sciences (Beijing)

沈诚频，Chengpin Shen，上海易算生物科技有限公司首席执行官

CEO, Shanghai Omicsolution Co., Ltd.

张芳菲，Fangfei Zhang，西湖大学Guomics大数据实验室博士生

PhD student, Guomics laboratory of Big Data, Westlake University 

郭天南，Tiannan Guo，西湖大学特聘研究员

Principal investigator, Westlake University

介绍：

基于数据非依赖性采集 (Data-independent acquisition, DIA)技术的蛋白质组学是一个正在快速发展的研究领域，目前已有多种软件工具被开发出来用于DIA数据分析，然而对每种软件结合不同谱图库的实际表现缺乏客观和系统性的评价，会在一定程度上影响数据解析的效率、准确性与可重复性。上海科技大学生命科学与技术学院、 iHuman 研究所水雯箐 (Wenqing Shui) 研究员团队今年 1 月份在《自然-通讯》期刊发表了论文 Benchmarking Commonly Used Software Suites and Analysis Workflows for DIA Proteomics and Phosphoproteomics。本工作首先创建了代表常规蛋白质组学实验复杂性的标准数据集，利用该数据集评估了4种常用软件结合7种谱图库、共10条数据分析流程的主要性能；而后评估了不同流程对磷酸化位点定位的准确性与分析TNF-α 诱导的磷酸化蛋白组数据的能力。该研究为DIA组学研究工作者选择合适工具、建立可靠的数据分析方法提供了一份操作指南。本期研讨会中，水雯箐博士将跟大家具体分享这项研究。