上科大水雯箐博士：DIA常用软件及分析流程|WeOmicsG21
“Westlake Proteomics Series” (WeOmics)系列研讨会 由西湖大学Guomics实验室，西湖实验室iMarker实验室，CN-HUPO，The Proteomic Navigator of the Human Body (π-HuB) Project共同举办，并由西湖欧米承办，SCIEX协办。本期研讨会主题：DIA常用软件及分析流程直播时间：2023年2月9日（周四）7:00-8:30 PM 北京时间6:00-7:30 AM EST微信搜索“人类蛋白质组计划”视频号预约关注报告专家：水雯箐，Wenqing Shui，上海科技大学生命科学与技术学院、iHuman 研究所，研究员Professor, ShanghaiTech University讨论嘉宾：申华莉，Huali Shen，复旦大学生物医学研究院研究员，博士生导师Professor, Institute of Biome......阅读全文
上科大水雯箐博士：DIA－常用软件及分析流程－|－WeOmics－G21
“Westlake Proteomics Series” (WeOmics)系列研讨会 由西湖大学Guomics实验室，西湖实验室iMarker实验室，CN-HUPO，The Proteomic Navigator of the Human Body (π-HuB) Project共同举办，并由西湖
上科大蛋白质组学研究揭示抑郁行为的新调控因子
大脑是生物体内结构和功能最复杂的组织。近年来蓬勃发展的脑蛋白组学研究是绘制大脑功能分子图谱、全面理解大脑生理病理机制的必经途径。跨膜蛋白家族在突触信号传递和神经可塑性调节中扮演重要角色，许多跨膜蛋白与精神类疾病和神经退行性疾病的发生发展密切相关。然而对动物组织中跨膜蛋白家族的组学解析仍面临巨大的
天津工生所揭示工业酵母长时高温耐受机制
人们对模式生物酿酒酵母在诸如热击等不同环境压力下的应答已做了许多组学层面上的研究，然而，目前还未见对工业酿酒酵母特殊的高温耐受性状进行系统生物学研究的报道。 近日，中国科学院天津工业生物技术研究所王钦宏研究组与水雯箐研究组合作，通过全细胞蛋白质组学策略，研究适应性进化获得的工业酵母菌株的高温耐
生物物理所等在管状内质网功能研究方面取得进展
3月21日，eLife杂志在线发表了中国科学院生物物理研究所胡俊杰课题组的研究论文“Quantitative proteomics reveal proteins enriched in tubular endoplasmic reticulum of Saccharomyces cerevis
国博迎来一位特殊的职员——数字虚拟人“艾雯雯”
7月22日，一位年轻的“女孩”正式入职中国国家博物馆（以下简称国博），成为国博的一名特殊的新员工。她叫艾雯雯，是一名虚拟数字人。她“出生”于2000年5月4日，虽然才22岁，但是她已经拥有了丰富的知识储备和讲解技能，甚至熟知国博文物珍品的具体信息。 此外，艾雯雯还拥有超强的自学习、自适应能力，能够
李雯：学业导师成为“网红”
李雯 日前，一段名叫李老师，我们想让全世界知道我们爱您！的视频在江苏大学朋友圈得到众多转载和点赞。这是江苏大学管理学院信息1302班毕业生自拍的感恩视频，为了感谢陪伴了四年的学业导师、江苏大学管理学院信息系教师李雯。 成为网红，是李雯万万没有想到的事，联系到她时，她反复强调自己只是一
上科大发ACS：亲和质谱从草药中筛选抑制食欲活性组分
2020年2月26日，上海科技大学iHuman研究所、生命科学与技术学院的水雯箐课题组在ACS Central Science（2018影响因子：12.837）上发表文章，使用GPCR配体筛选亲和质谱技术，从传统草本植物中发现靶向药物受体的新型激动剂，预期或与FDA批准上市减肥药氯色卡林有类似
蛋白质DIA检测原理
数据非依赖性的扫描模式(Data-independent acquisition, DIA)是近几年来发展的一种新的质谱数据采集方式。可以对特定质量范围内的所有母离子进行碎裂，采集所有母离子的碎片离子信息进行蛋白定性和定量。目前流行的蛋白质组学研究手段，如iTRAQ\TMT、 Label-fr
Proteome－and－Phosphoproteome－Quantification－by－DIA－on－Orbitrap－（二）
FIGURE 2. Comparison of DDA and DIA raw data. (A) Comparison of MS1 base peak chromatograms. (B) Comparison of zoomedin chromatograms. (C) Composi
Proteome－and－Phosphoproteome－Quantification－by－DIA－on－Orbitrap－（一）
Overview1) Purpose: Data Independent Acquisition (DIA) has been applied for large-scale protein and PTM quantification on the Thermo Scientific ™
傅雯娟：借鉴国际经验推动节能环保
第一期中国中青年领导干部赴日本节能环保与经济发展方式转变专题培训班开班式近日在京举行，中央纪委驻环境保护部纪检组组长傅雯娟出席会议并代表环境保护部部长周生贤对培训班的开班表示热烈祝贺。 傅雯娟指出，今年的中青年领导干部赴日培训班由中组部、外交部、环境保护部和国家外专局共同举办，确定
锐雯－－漆膜铅笔划痕硬度仪产品操作
铅笔硬度试验机产品操作： 1、试验仪：要保证砝码的重量1000+/-50g垂直作用于铅笔芯与试验台交点上，使铅笔与试验台保持45度夹角不变。试验台可移动，用铅笔划出划痕。 2、一组中华牌绘图铅笔6H-6B。铅笔制备;削去木杆露出3mm铅芯，在砂纸上画圆圈，将铅笔尖没成平面使边缘锐利。 3、试
亲和质谱技术：药物靶标配体的高通量筛选
疾病相关的药物靶标蛋白与小分子化合物的亲和作用研究是当今开发新药分子的热点领域。亲和质谱技术（Affinity Selection Mass Spectrometry）作为一种间接筛选小分子配体的方法，已经成功应用于许多受体、酶等靶蛋白的配体的筛选，并且得到了广泛的应用。 亲和质谱分析的基本原
强强联合（脂质组+DIA），IF>10（一）
脂质组学技术 相比其他组学技术，脂质组学技术发展较晚，新颖性高，仅仅只是纯数据分析也可以发表在不错的期刊上。如果希望研究得更高深入，可以往下游脂质功能或者往上游的蛋白或基因出发研究脂代谢调控机制。DIA技术 新一代、革命性的蛋白质组技术DIA,相比传统的蛋白质组技术（shotgun，Label fr
强强联合（脂质组+DIA），IF>10（二）
5.聚类分析为了进一步识别人群队列中潜在的相似代谢，基于KODAMA值进行partition around medoids clustering分析，鉴定到4个cluster(A,B,C,D)。比较有意思的是，不同cluster的PEs的发生具有显著差异，分别是Cluster A：71%，Clust
锐雯－－漆膜铅笔划痕硬度仪技术参数
铅笔硬度试验机技术参数：1、荷重500g或750g,1000g可选择2、执行标准：GB/T6739-863、铅笔与试样夹角：45度4、划痕速度：1mm/s
王洪博士：膜蛋白质组学｜WeOmics－O28
“Westlake Proteomics Series” (WeOmics)系列研讨会 由The Proteomic Navigator of the Human Body (π-HuB) Project，CN-HUPO，西湖大学Guomics实验室，西湖实验室iMarker实验室共同举办，并由西湖
数据非依赖采集DIA－解决方案（五）
九、相关产品Q Exactive 系列 Orbitrap 超高分辨质谱仪（Q Exactive、Q Exactive Plus 和 Q Exactive HF） UltiMate ™ 3000 RSLCnano 纳升超高效液相色谱仪 Orbitrap Fusion“三合一”系列 Orbitrap 超
数据非依赖采集DIA－解决方案（四）
Skyline 软件Skyline 软件是华盛顿大学 MacCoss 教授实验室开发的目标蛋白质组学分析软件（https://skyline.gs.washington.edu），是 DIA/SWATH 数据处理的权威工具，由于功能全面、性能强大而受到普遍认可，是目前使用最广泛的 DIA/S
数据非依赖采集DIA－解决方案（二）
二、特点与优势 数据非依赖采集（DIA）：• 采集所有离子及碎片谱图，不丢失任何信息，重现性好；• 数据易于追溯，即使目前的水平无法发现某些蛋白/ 化合物，未来可以回溯；• 无需优化方法，对于易降解样品可以即刻采集，获得数据后再深入挖掘；• 基于碎片离子（即母子离子对）定量，选择性好，与 SRM/M
数据非依赖采集DIA－解决方案（一）
一、数据非依赖采集（DIA）随着生命科学的快速发展，蛋白质组学的关注焦点和研究趋势已经逐渐从定性转向定量。定量蛋白质组学是对细胞、组织乃至完整生物体的蛋白质表达量及差异进行分析，对于生物过程机理的探索和临床诊断标志物的发现与验证具有重要意义。基于静电场轨道阱 Orbitrap 的数据非依赖采集（Da
数据非依赖采集DIA－解决方案（三）
图 9. 三步完成 DIA 方法编辑 典型 DIA 数据如图 10 所示，从色谱图上看 DIA 数据与传统 Shotgun 数据没有明显区别，只是每个循环的二级谱图数量固定，因此扫描点分布均匀。 图 10. 典型的 DIA 数据 图 11. 四步完成 msxDIA 方法编辑 2. msxDIAOr
常见的质谱扫描模式丨DDA－－DIA
Data Dependent Acquisition DDA 1 之前已经提到，DDA可以同时获得被测代谢物的一级质谱和碎片信息，母离子的筛选主要依靠研究者预先设定的条件，如信噪比，同位素分布，离子强度，选择top-n等等。该方法由于采用了较窄的m/z（通常为~1Da）窗口进行筛选目标离子减
广西大学副教授黄雯：在海底“植树造林”
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/11/511729.shtm 图① 在广西涠洲岛珊瑚礁修复实验区海域，黄雯做出下潜手势。 图② 在广西涠洲岛珊瑚馆办公室，黄雯在出海前检查提前制作好的珊瑚苗托。◎刘 影 黄海珠 本报记者 刘 昊
傅雯娟强调－不断提高组织协调工作水平
2012年全国环保系统纪检组长座谈会今日在甘肃省兰州市召开。甘肃省纪委副书记、省预防腐败局局长杨志宏到会致辞。环境保护部党组成员、中央纪委驻环境保护部纪检组组长傅雯娟在会上强调，全国环保系统各级纪检监察部门要准确把握组织协调工作的要求和方法，不断提高组织协调工作水平，深入推进环保系统党风廉政建设
中国工程院院士王士雯、顾夏声逝世
老年心脏病学和老年急救医学专家，中国工程院院士王士雯，因病医治无效，于2012年1月30日20时50分在北京不幸逝世，享年79岁。（讣告） 王士雯简介（来源：中国工程院官网） 王士雯（1933.3.29 -）女 回族 老年心脏病学和老年急救医学专家.山东省峄县人。1955年毕业
厦门大学吕晓雯教授研究组博士后招聘
（实验室网站：https://med.xmu.edu.cn/2020/0915/c15900a413563/page.htm）研究方向为胚胎干细胞定向分化过程中的三维基因组学，通过优化并开发生物信息分析流程提出新的理论模型，采用最新的基因编辑技术并优化多组学文库构建技术对模型进行生物学功能验证。
天津工生所建立表征激酶磷酸化模式定量质谱技术
植物类受体激酶组成了调节植物体生长发育和包括免疫防御在内的适应环境刺激的蛋白超家族。其中，BAK1可以与多种类受体激酶（包括BRI1、FLS2、BIK1、EFR）形成复合物，从而调节植物对生长激素和病原体相关分子模式的应答。植物类受体激酶的活性和信号的起始包括BAK1与其他类受体激酶形成蛋白复合
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北京大学Nature 4月13日，北京大学天然药物及仿生药物国家重点实验室邓宏魁研究团队在国际学术期刊Nature杂志在线发表了题为“Chemical reprogramming of human somatic cells to pluripotent stem cells”的研究论文，首次