为什么有的二级质谱里面没有母离子峰

MS-MS的时候，第一步的MS，将你的样品中的物质离子化，然后通过质谱的analyzer的附加电场作用下，选中目标峰（parent ion），第二个MS，会通过fragment手段（ETD或CID），将选择的母离子峰（parent ion）碎片掉，所以你在二级质谱（MS-MS)中看不见，或者只能看到丰度很低的母离子峰。
关于二级离子的有无，关键取决于碎片能量的大小，如果collision energy (CID)或者electron（ETD）给的太多，碎片就会比较彻底，母峰就会消失。