发布时间:2024-04-29 14:48 原文链接: “交叉”实验室:基因测序技术有了更多可能

探寻成功的路上,更迭自己已有认知和判断是常有的事。失败是鲜活珍贵的积淀,总有一天,这些积淀会浇灌出鲜艳的花。

文汇报

②做好表面修饰的基因测序芯片。

文汇报

③潘诚达在生化实验室中准备测验试剂。 均本报记者 邢千里摄

文汇报

坐落于环上大科技园的近观科技。         

 

从平面视角观察潘诚达的工作路线,是条“对角线”:在公司二楼最东端的化学实验室做好芯片的表面修饰,再“扎”进隔壁生化实验室准备好基因测序的酶、模板、引物与各类单分子检测试剂。然后坐电梯下楼,一路小跑至一楼最西边的光学实验室,将准备好的芯片与试剂体系结合进行检测验证。

就是这样一条“对角线”,作为光学工程师的潘诚达走出了“花”:在验光“主业”基础上增加生物化学实验的“副业”。实验室“串场”,不仅激发出加倍想象力,更让他所在的科研团队找到了精准发力的方向。

基于此,团队正攻坚基因测序技术:作为一种新型基因检测技术,通过血液或唾液中提取测定基因全序列,从而研究或预测疾病的成因。

就是近几周,他们找到了答案。通过为DNA聚合酶做“修饰”,使其产生更稳定的测序序列组,这项生物医药与芯片技术相融合的突破,将有助于形成单分子、长读长基因测序芯片,相关整机设备有望于今年底推出,从而填补国内在单分子实时荧光测序领域的空白。

潘诚达的“串场”,也是上海近观科技有限责任公司的缩影。这家由上海微技术工业研究院孵化,将硅光和生物技术相结合的跨界高科技企业,坐落于环上大科技园内,4层独栋小楼里,一半以上是实验室——光学检测、生物化学实验、算法开发、机械组装——看似完全“不搭界”的领域经有机融合,让创新火花加速转换为新技术、新产品。

“交叉”实验室里,“不可能”成为“可能”。

承上启下的“串场”

潘诚达个头不高,步子却迈得很大,奔波在各实验室,分秒必争。

光学实验室,窗帘被拉得死死的,一丝光都不放进来。三张长条实验台摩肩接踵,实验台是一座小型“城堡”,被纯黑色幕布罩着,里面尽是各类光学仪器。“暗室环境进行光学测试,避免环境光对光学信号的影响,降噪。”

相较之下,潘诚达“跨界”的生化实验室颇为敞亮。实验风格也大相径庭。起初,生化组与光学组各司其职,前者完成试管内测序试验优化后,交由后者验证性能,如若中途出现瑕疵,得“退回重来”。单是完成这一套组合实验,就得用上两位实验人员。

“要不我来试试?”有一点生物化学基础的潘诚达自告奋勇。

两个实验组经商定给了他机会。当生化组同事进行实验时,他在一旁“偷师”。没过多久就熟练起来,并实现了“脱产自研”。

当他真正揽下“跨界实验”时,难免会手忙脚乱。这两天,他正与生化组研究者攻克基因测序的核心技术“探针”,进行光学检测时,发现荧光强度数据“不理想”。一步步倒推实验过程,他找到了问题根源——测试荧光时,由于将抗猝灭试剂静置了过长时间,导致试管里出现沉淀物质,影响了之后的检测数据。“重新配置得花时间,咨询生化组同事后,我找到了改良办法。”很快,重测中数据达标。

这组“串场”实验共有十步,原本只需完成最后一步光学检验的潘诚达,硬是啃下了前面的九步——4项化学实验操作与5项生物实验操作。“做着做着,实验就成了‘肌肉记忆’。”

原本,完成一项串场实验得花上七八个小时,如今缩短至4小时。等潘诚达完成光学检测后,会将数据及实验成果传递给后续的算法组,算法组通过入网连接,便可开始组装产品。“每个细节决定实验的数据,更决定后道产品组装的‘成败’,马虎不得。”

失败本身有意义

科研领域失败是常态,但失败本身有意义。

潘诚达说自己最早的博士研究方向是“微纳尺度下的光学操控”,其中有四成内容需要在化学实验室里完成纳米颗粒的晶体合成。“可惜做了三年都没成功”。

他心里却狠狠“憋了一口气”:“早晚要做出点成绩来。”所以他成为唯一一位在生化组与光学组来回“串场”的工程师。

肯下功夫的青年科研者,也常会遇上“无法解释”的困顿。比如,做实验时,明明实验步骤都是对的,但得出的数据却不理想。“我进行了不同荧光探针结构的调试,在不断改变探针结构过程中,所呈现的数字依旧无法解释。”

他将这次失败“摊开”在生化组与光学组的联合组会上,大家一起支招。其师傅、产品项目总监胡春瑞接过话头:“可以从改变分子组装形态来试试。”

现阶段,国内已有类似的基因编辑、免疫细胞治疗等产品出现,但尚且处于研究阶段。放眼全球,去年才出现首例用于地中海贫血症治疗的基因编辑技术。想要填补国内空白,近观科技所研发的基因测序技术堪称“阵容豪华”:细致划分包含分子生物学、生物化学、光学、单分子光学,以及硬件、软件、算法等等,环环紧扣。多学科有机结合,成了这项技术能否顺利推出的关键。也因此,诞生了胡春瑞、潘诚达这样的“串场”师徒,承上启下,接续攻关。

这两天,他们接到算法部门的“前置订单”:针对当前研制基因测序探针,利用算法搭建的模型,没法识别出光学信号,能否在生化实验与光学实验部分进一步优化数据?据此,潘诚达一步步倒推实验,“见缝插针”搜寻可修改的步骤。尝试多次后,他发现自己的“老本行”提高单分子荧光强度方面还有可提升的空间。于是,他在溶液中通过添加更多试剂,调整单分子荧光信号的信噪比。等到碱基序列转换成光学信号输出后,算法组便收获了想要的“更优质”数据。

当然,“串场”研究的前提,是实验人员之间的互相理解。“最早公司开大会,每个项目组各抒己见,互相‘听不懂’,也导致了实验流程上的卡顿频发。”为了让每个项目组互相理解,胡春瑞牵头成立跨部门组会。比如,每周二定期召开“生化组与光学组联合组会”,由企业生化试剂负责人吴凡领衔四位生化工程师与一名光学组工程师,互相交流一周进展,彼此都跨前一步,无缝衔接。

如同齿轮精准卡位,如今的基因测序技术研究,进展“丝滑”。

“混搭”的刻意为之

近观的实验室“串场”,来自于人才培育使用的“跨界”。

潘诚达是物理学与光学专业背景,还自学了化学;胡春瑞本科读的是生物工程专业,博士阶段先研究了神经生物学,后半程转行研究非线性光学与单分子拉曼光谱成像;做生物学实验的艾巩丽,大学期间学的是农学院园林专业……

而这正是企业创始人陈昌的“刻意为之”。他回溯了自己的成长历程:本科学习化学工程,硕士转行到纳米材料,博士与博后先后钻研半导体芯片、细胞通信,再后来从事半导体与生物技术融合的产学研和创新创业,不断打拼成了复合型顶尖人才。“我们要的就是跨学科融合性人才,而不是做单一的流水线产品。这些人才有各行各业成功或失败的经验,能够互相激荡相互配合,激活创新力。”

基于此,从2022年起步的近观科技,已经有了“拿得出手”的成品——无创血糖检测技术,正得力于“交叉实验室”。也就是通过拉曼光学隔着皮肤检测血液内的葡萄糖分子,使得糖尿病患者无需“扎针”,即可检测血糖,且拥有极高准确度。最近,企业与瑞金医院建立了合作,让旗下无创血糖仪能进行临床试验。双方根据此产品的临床数据,还准备携手刊发论文。“在我们企业实验室发论文,已有过先例。”

在无创血糖检测技术筹备拿证的过程中,另一产品线基因测序技术也有了可期待的未来。在“串场”师徒等人的研究中,基因测序技术已解决了“最难的题”,即降低DNA聚合酶的链式反应速度。

这项操作,以一条DNA链做“模板”,通过DNA聚合酶的功能,实现与44种碱基配对。由于聚合酶发生化学反应的速度过快,DNA序列的信号难以实现时间上的分辨,对测序信号的解读造成巨大困扰,必须通过降低金属因子等人工改造使其“慢下来”。接着,通过单分子荧光检测识别具体信号,并用磷酸端荧光标记核苷酸。然后,一个个“打着标签”的核苷酸,所输出的光信号随即转化为电信号,经由算法转化,将成为测序的图像数据。

而这,也是国内目前唯一没有被掌握的一项基因测序领域的重要的技术路线。如同近观科技大堂里展示的公司愿景:让一切不可能变成可能。

基因测序技术,有了更多可能。


相关文章

“交叉”实验室:基因测序技术有了更多可能

探寻成功的路上,更迭自己已有认知和判断是常有的事。失败是鲜活珍贵的积淀,总有一天,这些积淀会浇灌出鲜艳的花。②做好表面修饰的基因测序芯片。③潘诚达在生化实验室中准备测验试剂。均本报记者邢千里摄坐落于环......

“交叉”实验室:基因测序技术有了更多可能

探寻成功的路上,更迭自己已有认知和判断是常有的事。失败是鲜活珍贵的积淀,总有一天,这些积淀会浇灌出鲜艳的花。②做好表面修饰的基因测序芯片。③潘诚达在生化实验室中准备测验试剂。均本报记者邢千里摄坐落于环......

洞察科技完成天使轮融资,加速实时检测和基因测序研究

近日,广州洞察科技有限公司(以下简称“洞察科技”)宣布完成数千万元天使轮融资。此次融资由ForcefieldVentures(IMOVentures)领投,天图资本和雅亿资本等机构跟投,多维资本担任本......

基因测序技术:就像考试做“问答题”

基因测序技术是人类探索生命奥秘的重要手段之一。随着测序技术的发展,通过测序技术对遗传信息的解码和基因组数据库的构建,人类不仅得以窥探生命的密码,更能从基因层面对人类疾病进行检测甚至干预。为进一步了解基......

聚焦生物医药领域,探讨前沿分析测试技术发展及应用

——生物医药前沿分析技术论坛在北京顺利召开2024年1月20日,生物医药前沿分析技术论坛在北京顺利召开。论坛由北京市科学技术研究院分析测试研究所(北京市理化分析测试中心)和北京市科学技术研究院前沿技术......

1442万,福建省农业科学院仪器采购项目公开招标

近日,福建省农业科学院近日发布了关于“福建省农业生物种质资源库项目种质资源相关仪器部分”的两则公开招标公告,公开采购高通量基因测序仪和农用软X射线仪等仪器,预算金额共计1442.0149万元。高通量基......

预算428万吉安市疾控中心采购三重四极杆气相色谱质谱联用仪

近日,吉安市疾病预防控制中心就三代基因测序仪、半自动核酸提取仪和三重四极杆气相色谱质谱联用仪、三合一多功能自动进样器进行公开招标,预算金额为428万元,详细信息如下:一、项目基本情况:项目编号:赣同创......

迄今最大全基因组测序数据公布有望带来新的诊断方法

经过历时5年、超35万小时的基因组测序以及超2亿英镑的投资,英国生物银行30日发布了迄今为止世界上最大的全基因组测序数据,完成了这一有史以来最受瞩目的同类项目。英国生物银行首席研究员罗里·柯林斯表示,......

PacificBiosciences单分子实时测序

PacificBiosciences单分子实时测序PacificBiosciences单分子实时(SMRT)测序使用特殊的环接头,通过链置换扩增(SDA)或多置换扩增(MDA)从dsDNA片段中生成s......

DNA测序市场

DNA测序市场:快照DNA测序预计将在2021-2031年的预测期内显示出有希望的增长,因为它在微阵列和其他分析方法等各种应用中的执行。DNA测序具有成本效益,具有很高的准确性和速度,甚至可以从低样本......