全基因组测序助力食源性疾病检测

CDC研究人员检查用于全基因组测序的电脑芯片。

　　李斯特菌暴发致3人死亡并且迫使美国得克萨斯州蓝铃冰淇淋公司在上个月底召回其全部产品，这是遗传流行病学如何正在改变食源性疾病检测的最新例子。两年前，位于亚特兰大的美国疾病控制和预防中心（CDC）启动一项试点计划，测序与某种疾病相关联的每个李斯特菌样品的DNA。总共算下来，每年大约要测序 800个。

　　CDC医学流行病学家Brendan Jackson介绍说，新的检测方式能发现食品安全体系中存在的空白，同美国食品药品监督管理局（FDA）采取的类似方法一起使用时尤为如此。FDA会对来自食物以及从工厂到物流中心的食物准备场所的样品进行测序。

　　在蓝铃事件中，一名思维敏捷的护士最先将堪萨斯州的5个病例同被污染的冰淇淋联系起来。在一年多的时间里，威奇托市传染病预防和控制协调员K?覿ren Bally及其团队一直在寻找同这种在2014年1月以单一病症开始的传染病有关联的任何东西。传统的流行病学工具没有任何发现，从饮食记录上也未看出什么。同时，利用DNA分析标准技术进行的分析显示，来自最初4个病人的李斯特菌样品看起来毫不相关。

　　当第5位患者在2015年年初病倒时，标准DNA分析最终显示其同之前的一个病例存在关联。堪萨斯州将样品送到CDC确认。全基因组测序显示，两个李斯特菌样品几乎完全匹配。不过，他们仍无法找到源头。Bally和她的团队搜索了FDA的召回令以及报道受污染食品的社群，但一无所获。随后，她听说蓝铃冰淇淋公司的一家销售商存在质量问题。Bally不知道的是，FDA的抽样已在蓝铃一家位于南卡罗来纳州的配送中心发现了李斯特菌，而且检测员已将其追溯到位于得克萨斯州的生产基地。

　　Bally打电话给堪萨斯州卫生部门，后者又联系了刚刚测序完受污染冰淇淋样品的FDA。当他们将这些结果同CDC样品进行比较时，又发现了一对匹配样品。随后，CDC研究了其他悬而未决的李斯特菌病例。通过测序仍在库存中的样品，他们确认了追溯到2010年的另外5个病例。

　　“这是我们没有经历过的事情，能研究这么久以前的病例。”Jackson说，尽管目前需要很多工具追踪疫情，但全基因组测序“让结果完全不同”。