1.病毒分离
先天性风疹综合征患婴出生后可持续带病毒数月，成为接触者的传染源。由患婴的咽分泌物、尿、脑脊液及其他器官可以分离到风疹病毒。而后天感染风疹者，排出病毒很少超过2～3周。先天性风疹病毒分离的阳性率随月龄而降低，至先天性风疹患儿1岁时往往不能再分离到病毒。除非患婴有先天性免疫缺陷不能产生抗体，很少能自血液中分离出病毒。
2.血清学检查
当孕妇有风疹接触史或临床上有疑似风疹的症状时，应测定血清风疹抗体。如果特异性抗风疹免疫球蛋白M（IgM）阳性，说明近期有过风疹的初次感染，尤在妊娠早期，应考虑做人工流产。
先天性风疹综合征患婴出生时，血清风疹抗体的效价与其母相似，这种抗体大多为由母体胎传的免疫球蛋白G（IgG），自生后2～3个月起滴度逐渐下降；而胎儿出生时其自身产生的抗风疹IgM（IgM不能通过胎盘）至生后3～4个月达高峰值，1岁左右消失。因此，如从新生患婴血清测出风疹特异性IgM，或生后并未感染风疹，而5～6个月后血清风疹IgM抗体还大量存在，均可证明该婴儿是先天性风疹综合征患儿。
生后感染风疹者，其血清的血凝抑制抗体可持续终生。但部分先天性风疹综合征患儿于5岁时就不再能测到该抗体。一般易感儿注射风疹疫苗后，大部分皆有抗体产生的效应，而抗体已阴转的先天性风疹综合征患儿经注射风疹疫苗后很少发生效应。故如3岁以上小儿注射风疹疫苗后，不能测得血凝抑制抗体的产生，在除外免疫缺陷病及其他原因后，加之母孕期感染风疹史及患儿其他的临床表现，可有助于肯定先天性风疹综合征的诊断。