（1）移植片失败：术后植片持续浑浊加重，明显的后弹力层皱褶，预示植片的失败。原因有术中内皮损伤过重、供体角膜保存不善或供体角膜内皮营养不良。如有供体角膜组织需早期重新移植。也有主张数月后再移植者，但新生血管长入后，近期排斥发生率明显提高。
（2）感染：由细菌或真菌引起。角膜感染表现术眼疼痛，严重充血，角膜浸润，前房积脓，缝线松动。一旦发生应立即寻找感染源，做细菌培养和药物敏感试验，同时立即多途径包括全身、局部注射抗生素和眼药点眼。药物选择以广谱、抗普通菌、抗绿脓菌、抗霉菌药伍用为原则。细菌培养有结果后再选择性给药。如眼内炎发生应积极寻找供体角膜，拆除原植片行开放式玻璃体切割术（如有晶状体眼一并行晶状体摘除），彻底切除脓疡的玻璃体并送细菌培养。用新鲜植片以间断缝合方式再移植。术后严格使用抗生素治疗。眼内炎一经确诊应立即决定手术。
（3）前房积血：多来自严重血管化的植床。术中有效的止血及吻合口良好的密合是防止术后出血最有效的措施。少量积血不需特殊处理可自行吸收，较大量出血，要适当散瞳，提高眼压对防止持续出血可能有效。如发生继发青光眼应及时做前房穿刺，冲出血块以防缝线断裂。
（4）前房消失或虹膜脱出：局部因素有吻合口漏水或组织缺损、缝线松动或断裂、气泡进入后房、Uretts-Tavalia综合征；全身因素有尿闭、便秘、咳嗽、过多离床活动等。组织缺损应进行丝线加固缝合。缝线松动断裂者拆除重新缝合，缝合后应充分形成前房并严格检查密合情况。伴全身因素者应相应地行导尿、通便、镇咳、限制活动等处理。气泡进入后房常伴有吻合口漏，因漏水前房难以维持，从而将气泡逼入后房。在有晶状体眼，如果伴有虹膜脱出或嵌夹伤口，气泡可能存在虹膜与晶状体之间，如果不伴虹膜问题，往往使气泡进入晶状体后，病人仰卧时气泡推压虹膜-晶状体隔向前，更促进前房消失。发生前粘连则继发青光眼，必须及时处理。首先注意寻找有无吻合口漏并给予加固密合，虹膜整复以后用平衡盐水加深前房，术后取坐位或侧卧位令气泡离开晶状体后自行吸收。为此对有晶状体眼，不提倡用气泡形成前房。Uretts-Tavalia综合征一旦发生，全身用镇静剂、平卧位、降眼压剂，一般可以奏效，必要时行晶状体摘除。脉络膜脱离也是引起浅前房的原因之一，常发生于合并有青光眼、无晶状体眼的角膜移植术后，用荧光素染色也无漏水发现，但眼压低，前房浅，有时用间接检眼镜可发现周边部棕色隆起。早期用高渗剂、钙剂，一般可自行平复。如5d后仍不能形成前房，应及时放脉络膜上腔液体，前房注气以形成前房，否则造成房角粘连、虹膜-吻合口前粘连、继发青光眼等。
（5）虹膜前粘连：主要原因是缝合完毕没有有效地形成前房或术后浅前房。其危害在于：近期内引起后弹力膜、内皮愈合不良、植片水肿、转透明晚、继发青光眼；远期在粘连部位发生排斥。有些角膜横贯伤粘连白斑病例，周边遗留部分白斑依然与虹膜发生牢固粘连，术中应把此部虹膜与角膜瘢痕分离（剪断虹膜勿伤内皮），同时用黏性物质使虹膜与房角分开，术后不要将此黏性物质冲出，使之起短期支撑作用。否则随着愈合过程的进行，粘连又从此部开始扩展，实践中经常看到，术后的部分粘连最终发展为广泛粘连。
（6）植片水肿：主要表现为后弹力层皱褶、植片朦胧，应与植片失败加以区别。一般随术后时间推移逐渐好转。
（7）驱逐性脉络膜出血：罕发在无晶状体眼。一旦发生，眼压急剧升高，病人出现术眼剧痛、呕吐，严重者缝线断裂、内容脱出，应紧急行脉络膜上腔引流术，一般预后极差。
（8）瞳孔阻滞：无晶状体眼术中用气泡形成前房者，气泡阻滞瞳孔使房水循环受阻所致。预防方法：术中气泡不能过大，一半前房一半玻璃体的气泡最容易发生此并发症。一旦发生，应将瞳孔散大，头高位，使空气泡离开瞳孔。
（9）角膜上皮愈后不良：一般发生在干眼病及灼伤，或长期大量应用激素者。人工泪液、软性接触镜加绷带，少点糖皮质激素眼液将有助于上皮生长。