转录因子(transcription factor)是起调控作用的反式作用因子。转录因子是转录起始过程中RNA聚合酶所需的辅助因子。真核生物基因在无转录因子时处于不表达状态,RNA聚合酶自身无法启动基因转录,只有当转录因子(蛋白质)结合在其识别的DNA序列上后,基因才开始表达。转录因子的结合位点(transcription factor binding site,TFBS)是转录因子调节基因表达时,与mRNA结合的区域。按照常识,转录因子(transcription factor,TF)的结合位点一般应该分布在基因的前端,但是,新的研究发现,人21和22号染色体上,只有22%的转录因子结合位点分布在蛋白编码基因的5'端。
这篇文章的试验方法是,通过高密度的寡核苷酸芯片,反映出人21和22号染色体的几乎所有的非重复序列,通过这种芯片,检测三种转录因子,Sp1、 cMyc、和p53的结合位点。结果表明,每种转录因子都有大量的TFBS与之结合。然而,只有22%的转录因子结合位点分布在蛋白编码基因的5'端, 36%的TFBS分布在蛋白编码基因的中部或3'端,并且这36%的TFBS常常和基因组中的非蛋白编码RNA分布在一起。这暗示,在人的基因组中,不仅包含蛋白编码基因,也包含数量相当的非编码基因(noncoding genes),他们都受常见的转录因子所调控。
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