慢性结肠炎的病因复杂，最常见的病因是非特异性结肠炎，如肠易激综合征、炎症性肠病、肠菌群失调、小肠吸收不良等。一般认为和感染、免疫遗传、环境、食物过敏、防御功能障碍及精神因素有关。
1、过敏因素：
过敏性病变，受个体差异影响。主要是肠道性过敏，偶尔也累及皮肤。有些人对鱼类、虾、蟹、牛乳等高蛋白食物产生过敏，这些异体蛋白进入人体产生大量的组胺物质，引发过敏性反应。过敏性反应，是受致敏物质刺激，自身免疫引起的反应，激发大量免疫细胞凝聚、均集结在消化道黏膜表面，从而引起黏膜表面水肿、充血及渗液等炎症发生。
2、感染因素
一般认为都与感染有关，每当发病时，使用抗生素都能有不同程度控制病情和治疗的效果，说明该病有致病菌的作用。
3、滥用抗生素
滥用抗生素，导致肠道菌群失调，或出现耐抗生素菌株而引起的肠炎。
