毛囊性粘蛋白病初期变化是外毛根鞘和皮脂腺水肿。空隙中有粘蛋白沉积。整个毛囊可受侵犯。有些病例皮损中整个毛囊变成囊腔，腔内含有粘蛋白，并见毛根鞘细胞变性。真皮可见非特异性炎性细胞浸润，有时可形成肉芽肿。伴有淋巴瘤或组织细胞增生症者组织象上可见弥漫性组织细胞浸润，并见异形细胞及吞噬现象。
电镜观察发现病变在毛囊上皮的角质形成细胞中，见细胞核周围的细胞器消失，核收缩。
放射性自显影研究，受累毛囊未见粘多糖合成增加。
