泌尿系感染还经常有一些潜在病因，如泌尿系梗阻、畸形、膀胱输尿管反流等。特别是膀胱输尿管反流，由于膀胱输尿管连接部瓣膜作用不全，以至尿液自膀胱反流入输尿管、肾盂，常引起小儿反复的泌尿系感染。感染的尿液反流入肾组织，引起肾实质损害，可导致肾瘢痕形成、肾脏发育迟缓，最终可导致成人后发生高血压和终末期肾脏病。
