肾脏是淀粉样蛋白最常侵犯的部位之一，肾淀粉样变可能是淀粉样变患者最严重的表现和主要死亡原因，肾淀粉样变在AL和AA（包括继发性，家族性地中海热和慢性静脉吸毒成瘾者）淀粉样变均常见。肾淀粉样变的主要表现是肾病综合征和肾功能衰竭，蛋白尿十分常见，重者可有大量蛋白尿（24h尿蛋白定量>3.5g者称为“肾病性蛋白尿”），35%AL和50淀粉样变患者出现肾病综合征，血尿相对少见，但明显血尿可提示下泌尿道淀粉样蛋白浸润，脓尿和管型尿也可出现，但不常见，肾静脉血栓形成是肾淀粉样变病人较常见的并发症，高血压较罕见，慢性肾功能不全较多见，有时也可发生急性肾功能不全（多继发于血容量不足，低血压，休克，出血等并发症之后），尿毒症是肾淀粉样变的晚期表现，但透析治疗可稳定病情，有时可出现肾性糖尿，肾性尿崩，肾小管酸中毒，范可尼综合征等肾小管功能异常，阴茎异常勃起和肾血管异常也有报道，肾淀粉样变患者的预后主要与血肌酐和尿蛋白水平有关，相当一部分需要透析的肾衰竭患者，同时合并肾上腺淀粉样变，导致肾上腺皮质功能减低。
淀粉样蛋白主要沉积于肾小球和肾小动脉壁，也可沿肾小管基底膜沉积，或沉积于小管周围，肾小球内的淀粉样蛋白沉积，主要见于系膜区，内皮下和上皮下等部位，大量淀粉样蛋白沉积可引起肾小球硬化，肾小动脉狭窄或闭塞，肾小管萎缩，间质纤维化及单核细胞浸润等，早期肾淀粉样变时，肾脏多增大或大小正常，而晚期肾衰竭时则有双肾萎缩，肾活检组织切片作刚果红染色等项检查，是肾淀粉样变的主要诊断依据。