为避免实验室污染，食品、水、环境样品与病人标本不能在同一实验室检测，必须分别在独立的空间进行样品处理和检验。
1. 核酸检测和基因型鉴定
⑴Real-time RT-PCR
ORF1/ORF2区是诺如病毒基因组中最保守的区域，在同一基因型不同毒株间有相同的保守序列，根据这段保守区域可用于设计TaqMan为基础的Real-time RT-PCR的引物和探针。除可检测病例临床标本中的诺如病毒RNA外，引物和探针经优化提高灵敏度后，还可用于环境样本（如食物和水）的检测。Real-time RT-PCR的敏感性高于传统RT-PCR，可检测诺如病毒GI群和GII群。 [4]
⑵传统RT-PCR
采用传统RT-PCR对Real-time RT-PCR阳性标本的PCR产物进行测序，通过序列分析确定诺如病毒的基因型。测定ORF2完整衣壳蛋白基因序列，是诺如病毒基因分型的金标准。基因组中四种不同的区域（Region A-D）均可用于诺如病毒基因分型，基于衣壳蛋白区Region C和D两区域分型效果更好。但对于GII.4变异株的进一步分型，仅根据Region C序列不足以区别，需进一步扩增Region D。 [4]
2.抗原检测
由于诺如病毒抗原高度变异（基因型超过29个）且某些基因型存在抗原漂移（如GII.4型），开发广泛反应的ELISA方法存在较大挑战。虽然目前已有商品化的试剂盒如IDEIA（Oxiod，英国）、SRSV(Ⅱ)-AD（Denka Seiken，日本）以及RIDASCREEN（r-Biopharm AG，德国），但其敏感性（36%-80%）和特异性（47%-100%）均不太理想。即使已通过美国FDA认证的RIDASCREEN诺如病毒第三代ELISA试剂盒，也没有在美国广泛应用。ELISA可适用于爆发疫情中大量样本的筛查，但不适合散发病例的检测。ELISA检测结果阴性的样本还需要通过Real-time RT-PCR进行第二次检验确认。鉴于ELISA试剂盒成本高、敏感性低，ELISA方法仅可作为辅助检测手段 [4] 。
