临床表现
本病病理变化与结核病十分相似。有浸润、渗出、增殖、干酪化、空洞形成等多种改变。但也有人报告非典型分枝杆菌病的组织学改变有类上皮细胞结节较多、无明显干酪化、胶原纤维增生常合并玻璃样变性等特点。临床表现亦与结核病相似，起病缓慢隐匿，有发热、咳嗽、咯痰、咯血、消瘦等症状，有时还可侵犯淋巴结、皮肤，引起淋巴结肿大、溃破，皮肤肉芽肿及溃疡。甚至向全身播散，病情危重，预后不良。
诊断方法
痰及分泌物的细菌学检查（包括涂片、培养及菌型鉴定）是确诊的主要依据。在被诊断为肺结核、淋巴结核的病人中，对抗结核药物呈原发耐药者，对那些病程迁延、虽经合理积极抗结核药物治疗而疗效不显著者，以及痰菌持续阳性者，应疑及本病。
主要应与结核病鉴别。其鉴别要点为：
①病情迁延，对抗结核药物治疗效果差。因为非典型分枝杆菌对常用的抗结核药物如链毒素、异烟肼等均不敏感，而对利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、环丝氨酸、乙硫异烟胺的敏感性则因菌种不同而有所差异，因此治疗失败率明显高于结核病。
②皮肤试验。非典型分枝杆菌病患者对O.T.（旧结核菌素）或PPD（结核菌素纯蛋白衍生物）的皮肤试验常呈弱阳性反应，而对本型的PPD反应较强。但是结核菌与非典型分枝杆菌间具有多种共同抗原或抗原决定簇，故常有交叉反应，因此对其诊断价值评论不一，有赖于各菌种特异性纯化抗原的分离、制备、以提高其特异性。
③确诊的主要手段是菌型鉴定。
④选择性培养基。在含有对硝基苯甲酸的PNB培养基和含有氯化羟胺的HA培养基上，人型、牛型结核菌不能生长，而非典型分枝杆菌可以生长。
随着结核菌及非典型分枝杆菌单克隆抗体及基因探针的研究，细菌快速检测仪用于细菌的快速培养，将有助于菌型鉴定工作的开展。