X连锁淋巴增生症由SH2D1A基因突变或XLAP(又称BIRC4)基因男性半合子或女性纯合突变导致。这些基因突变导致特定蛋白减少甚至缺失,最终引发疾病。其中,SH2D1A基因突变引起的是1型X连锁淋巴增生症,XLAP基因突变导致X连锁凋亡抑制因子缺陷引起2型X连锁淋巴增生症,现在多称为X连锁家族性噬血细胞综合征。