分子对接计算中如何确定对接口袋？（三）

在殷赋云计算平台上定义对接口袋

说了这么多，分子对接中使用游离蛋白作为受体时，又该如何定义对接口袋呢？

计算平台为我们提供了三种定义口袋的方式，对于复合物蛋白，可以通过“选择文件”选择之前就提取出来的配体分子进行定义（详见平台教程，在微信公众号首页回复“计算教程”即可获得下载链接）；对于游离蛋白，可通过上传包含口袋信息的分子文件或者通过下拉列表选择口袋中的氨基酸残基来定义。

还是以1UWH为例，我们把蛋白摆放到与上图差不多的角度，就知道口袋的大致位置（下图绿圈），然后在口袋中找一个或几个氨基酸残基（要求其原子集合的几何中心尽量接近口袋中心），把鼠标放至其上，就会显示出相关信息（下图黄圈）。然后，在下拉列表中勾选这些残基（下图红框）即可。

（在殷赋云计算平台上通过指定氨基酸残基的方式来定义对接口袋）

另一种更便捷的方式是，上传一个指明口袋中心的分子文件（使用pdb、mol2、sdf等常用格式[2-4]）到平台，平台会计算它们的几何中心，从而确定对接口袋的中心位置。比如，用文本编辑器NotePad++打开POCASA输出文件1uwh_TopN_pockets.pdb，删除Pocket C~F的信息，保留Pocket A和B的信息，保存pdb文件，上传到平台。POCASA非常贴心地为各个Pocket分配了不同的链名A~F；根据上面提到的Rank order信息，Pocket A的残基名为222、Pocket B为146。据此，可以迅速找到两个Pocket的所有信息。

（用文本编辑器处理POCASA输出文件中的Pocket信息）

（通过上传删减的POCASA 1uwh_TopN_pockets.pdb文件来定义对接口袋）

当然，该方式不限于POCASA的输出文件，也可以使用其他预测软件的输出文件，还可以上传自己创建的文件，比如通过PyMOL等软件在口袋中选择若干氨基酸残基，保存为pdb文件。如果格式不正确，平台会抛出异常错误。对于不太了解分子文件格式的用户，建议使用下拉列表的方式来定义对接口袋。

【下期预告】我们将在下期发布Vina和Dock6方案的5分钟分子对接视频教程，敬请期待。

参考文献

1. Tina Seifert et al. Identification of the Binding Site of Chroman-4-one-Based Sirtuin 2-Selective Inhibitors using Photoaffinity Labeling in Combination with Tandem Mass Spectrometry. J. Med. Chem. 2016, 59, 23: 10794-99. DOI:10.1021/acs.jmedchem.6b01117

2. PDB格式：http://www.wwpdb.org/documentation/file-format-content/format33/v3.3.html

Mol2格式：http://chemyang.ccnu.edu.cn/ccb/server/AIMMS/mol2.pdf 或http://www.csb.yale.edu/userguides/datamanip/dock/DOCK_4.0.1/html/Manual.41.html

SDF格式：http://www.nonlinear.com/progenesis/sdf-studio/v0.9/faq/sdf-file-format-guidance.aspx或http://link.fyicenter.com/out.php?ID=571