分子对接计算中如何确定对接口袋？（三）
在殷赋云计算平台上定义对接口袋说了这么多，分子对接中使用游离蛋白作为受体时，又该如何定义对接口袋呢？计算平台为我们提供了三种定义口袋的方式，对于复合物蛋白，可以通过“选择文件”选择之前就提取出来的配体分子进行定义（详见平台教程，在微信公众号首页回复“计算教程”即可获得下载链接）；对于游离蛋白，可通过上传包含口袋信息的分子文件或者通过下拉列表选择口袋中的氨基酸残基来定义。还是以1UWH为例，我们把蛋白摆放到与上图差不多的角度，就知道口袋的大致位置（下图绿圈），然后在口袋中找一个或几个氨基酸残基（要求其原子集合的几何中心尽量接近口袋中心），把鼠标放至其上，就会显示出相关信息（下图黄圈）。然后，在下拉列表中勾选这些残基（下图红框）即可。（在殷赋云计算平台上通过指定氨基酸残基的方式来定义对接口袋）另一种更便捷的方式是，上传一个指明口袋中心的分子文件（使用pdb、mol2、sdf等常用格式[2-4]）到平台，平台会计算它们的几何中心，从而......阅读全文
分子对接计算中如何确定对接口袋？
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸
分子对接计算中如何确定对接口袋？（二）
3、从返回的结果中找到Output files，下载我们需要的pdb文件文件①是输入的pdb文件（我们输入了PDB ID，POCASA自动从RCSB PDB库中下载蛋白文件），文件②是我们需要的输出结果，包含了若干潜在口袋的位置信息。将两者下载下来，然后使用PyMOL或其他分子图形软件观察分析。（P
分子对接计算中如何确定对接口袋？（三）
在殷赋云计算平台上定义对接口袋说了这么多，分子对接中使用游离蛋白作为受体时，又该如何定义对接口袋呢？计算平台为我们提供了三种定义口袋的方式，对于复合物蛋白，可以通过“选择文件”选择之前就提取出来的配体分子进行定义（详见平台教程，在微信公众号首页回复“计算教程”即可获得下载链接）；对于游离蛋白，可通过
分子对接计算中如何确定对接口袋？（一）
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸、多
什么是分子对接？
分子对接是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间(如配体和受体)相互作用,并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟方法.近年来,分子对接方法已成为计算机辅助药物研究领域的一项重要技术。
分子对接技术流程介绍
蛋白与小分子的对接受体结构准备：通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构；药物分子准备；对接口袋的确定蛋白与蛋白的对接蛋白结构模型准备：通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构；对接，一般生成数万种pose如果知道某些残基参与结合，那么可以对对接pose进行过滤对对接POSE进行重新打分并排序，挑选
分子对接有什么用途？
探索药物小分子和大分子受体的具体作用方式和结合构型;筛选可以与靶点结合的先导药物（虚拟筛选）;解释药物分子产生活性的原因;指导合理地优化药物分子结构。
分子对接技术的主要方法
各种分子对接方法对体系均有一定的简化，根据简化的程度和方式，可以将分子对接方法分为三类。刚性对接：刚性对接方法在计算过程中，参与对接的分子构像不发生变化，仅改变分子的空间位置与姿态，刚性对接方法的简化程度最高，计算量相对较小，适合于处理大分子之间的对接。半柔性对接：半柔性对接方法允许对接过程中小分子
主要分子对接软件功能特点介绍
DOCKDock是应用最广泛的分子对接软件之一，由Kuntz课题组开发。Dock应用半柔性对接方法，固定小分子的键长和键角，将小分子配体拆分成若干刚性片断，根据受体表面的几何性质，将小分子的刚性片断重新组合，进行构像搜索。在能量计算方面，Dock考虑了静电相互作用、范德华力等非键相互作用，在进行构像
分子对接技术的起源及方法
分子对接这一想法的历史可以追溯到19世纪提出的受体学说，Fisher提出的受体学说认为，药物与体内的蛋白质大分子即受体会发生类似钥匙与锁的识别关系，这种识别关系主要依赖两者的空间匹配。随着受体学说的发展，人们对生理活性分子与生物分子的相互作用有了更加深刻的认识，从基于空间匹配的刚性模型逐渐发展成为基
如何科学合理地对待分子对接结果？
这不是一个简单的问题，我没有做过系统性的研究，仅说一下经验之谈。欢迎大家留言讨论，各抒己见。将问题分解一下，本文主要回答两个问题：A、如何判断结合模式好坏？B、如何评价结合能力高低？讨论的重点是结合模式的判断，因为我们已知现有的对接软件的打分函数预测能力非常有限，而且一般情况下是我们不能左右的。由于
如何科学合理地对待分子对接结果
这不是一个简单的问题，我没有做过系统性的研究，仅说一下经验之谈。欢迎大家留言讨论，各抒己见。将问题分解一下，本文主要回答两个问题：A、如何判断结合模式好坏？B、如何评价结合能力高低？ 讨论的重点是结合模式的判断，因为我们已知现有的对接软件的打分函数预测能力非常有限，而且一般情况下是我们不能
月轨交会对接背后：对接测试、样品转移测试
举世关注的“月轨相拥”成功上演。 12月6日5时42分，嫦娥五号上升器成功与轨道器和返回器组合体交会对接，并于6时12分将月球土壤样品容器安全转移至返回器中，完成了“回家”前的“月球土特产快递揽件”任务。 这是我国首次实现月球轨道交会对接。 作为探月三期的收官之战，嫦娥五号将刷新人类无
主体分子β环糊精（βCD）与客体分子cinnarizine的对接研究
1.项目说明 研究主体分子β-环糊精（β-CD）与客体分子cinnarizine的结合模式、相互作用力和结合位点。 图1.cinnarizine 2.计算方法 从Crystallography Open Database（http://www.crystallograp
主体分子β环糊精（βCD）与客体分子cinnarizine的对接研究
1.项目说明研究主体分子β-环糊精（β-CD）与客体分子cinnarizine的结合模式、相互作用力和结合位点。图1.cinnarizine2.计算方法从Crystallography Open Database（http://www.crystallography.net/） 下载β-环糊精（CO
如何处理对接时候的蛋白自带小分子
想加入微信学术交流群的朋友，请在公众号首页输入“加群”，验证后入群。 殷赋云平台-分子对接方案，智能化预测蛋白质、多肽、核酸与小分子间的相互作用，识别文末二维码了解更多！ 1 A：请教蛋白自带好多小分子，对接的时候怎么处理呢? 殷赋科技：对接时并不需要这些小分子，其用途
如何处理对接时候的蛋白自带小分子？
1A：请教蛋白自带好多小分子，对接的时候怎么处理呢?答：对接时并不需要这些小分子，其用途只有一个——帮助定位口袋。因此，保存你需要的小分子，其他清除掉。但有一种情况例外，辅酶分子或类似作用的分子应当保留在受体中，因为它将作为受体的一部分与配体产生相互作用。A：有的还带有金属离子~ 是不是也应该保留。
共价化合物的分子对接问答详解三则
A: 有没有人做过共价化合物的分子对接? B:薛定谔有，covalent docking。 A:有没有用过，结果可有价值? B:我有替实验室师兄做过一次，挺大的天然产物去对接，全塞进腔里了，感觉有点不对劲。需要你去定义反应位点，以及化合物的反应基团及类型，比如迈克尔加成。
共价化合物的分子对接问答详解三则
1A: 有没有人做过共价化合物的分子对接?B:薛定谔有，covalent docking。A:有没有用过，结果可有价值?B:我有替实验室师兄做过一次，挺大的天然产物去对接，全塞进腔里了，感觉有点不对劲。需要你去定义反应位点，以及化合物的反应基团及类型，比如迈克尔加成。殷赋科技:@A 你要针对少数化合
科研创新对接战场需求
近日，从火箭军某基地传来喜讯：由该基地对接战场需求提出的“某高效检测屏蔽装置研制”项目，已进入研制定型阶段。该基地领导介绍，科研创新只有瞄准战场难题，精准发力破解，才能真正发挥好服务打仗保障打赢作用。 该基地先后出台了一系列举措：每次训演练或是执行重大任务，都组织大批科研骨干赴一线“淬火”，
幽门螺杆菌抗生素耐药基因的分子检测及分子对接分析
Abstract 摘要Aim: To explore the mutation characteristics of H. pylori resistance-related genes to antibiotics of clarithromycin (CAM), levofloxaci
技术专家对接纺织产业发展
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/11/512147.shtm11月9日，以“先进纺织打造美好未来”为主题的2023中国（龙港）先进纺织及纤维材料青年科学家论坛在浙江省龙港市召开。来自全国各地高校、科研院所的专家，青年科技工作者，企业代表等约2
如何对接线端子EMC测试
由于电子产品出口国外需要做EMC测试，所以接线端子作为电子设备的配件产品也不例外，想要做出口贸易，那么就需要提前了解如何对接线端子EMC测试?下面世复检测来给大家做一个详细的攻略。 接线端子是用于实现电气连接的，那么就需要电磁兼容性测试EMC，EMC包含两大项：EMI(干扰)和 EMS(敏
精准对接－“云端”交流－中国—东盟数字技术对接交流研讨会成功举办
12月5日上午，由广西东盟技术转移中心组织开展的2023年中国—东盟数字技术对接交流研讨会在南宁成功举办。活动以“线上+线下”方式举行，共有来自马来西亚、缅甸、越南等东盟国家和中国数字技术领域相关人员参加，参会嘉宾围绕数字技术领域的新技术、新产品和新服务进行深入交流对接，分享最新的技术发展趋势，
汇聚各方智慧，实现优势资源对接
—2014中国检验检测机构行业峰会开幕在即 当前我国经济结构转型加快，创新驱动发展上升为国家战略，检验检测行业迎来政策支持的重大机遇，正在超速发展。据国家认监委实验室与检测监管处主任肖良预计，2013年检验检测市场规模为1678亿，2014年为2105亿，2015年为2574亿。我国检验检测的
分子对接技术研究D7152441－抑制剂与PB2蛋白的结合模式
从本期起，小编将带领大家使用殷赋云计算平台（http://cloud.yinfotek.com/）来做一系列计算“文章”。这一期咱们来重现一篇2018年文献[1]的计算结果，看看作者是如何运用分子对接技术来阐明机理、升华文章的。该文献影响因子4.6，是典型的“实验+计算”模式，比较接近大多数科研
分子对接技术研究D7152441－抑制剂与PB2蛋白的结合模式－二
6、 提交计算任务Dock6方案为我们提供了多种对接计算模式，这里稍微解释一下。在各种模式中，蛋白受体都是刚性不动的。因为Dock6的Grid算法实际上并非直接采用蛋白结构进行对接，而是采用其模型（正是前面生成的格点）。根据配体运动的方式，分为下面几种情况：1） 柔性配体对接，即配体在对接过程中是柔
如何选择蛋白晶体结构？
在使用殷赋云计算平台的时候，有不少用户对于如何选择蛋白晶体结构存在疑问。本篇就这个话题做一些经验分享。任何标准都有一个适用范围。我们在这里只讨论用于分子对接的蛋白晶体结构的选择原则和方法。1. 确定蛋白种属在实验当中，研究人员通常使用动物模型（如小鼠）来研究人源蛋白。这样做有许多原因，比如：1） 无
如何选择蛋白晶体结构
在使用殷赋云计算平台的时候，有不少用户对于如何选择蛋白晶体结构存在疑问。本篇就这个话题做一些经验分享。任何标准都有一个适用范围。我们在这里只讨论用于分子对接的蛋白晶体结构的选择原则和方法。 1. 确定蛋白种属 在实验当中，研究人员通常使用动物模型（如小鼠）来研究人源蛋白。这样做有许
创新券京津冀对接会召开
为落实全国科技创新大会精神，推动京津冀协同创新发展，9月19日，由北京市科委牵头的创新券京津冀对接会召开。 此次会议讨论了建立共同支持互相衔接的创新券合作机制，科技部资源配置与管理司、财政部相关负责人、北京市科委、天津市科委、河北省科技厅相关负责人与工作人员出席，并就构建合作机制、明确重点