随机引物法:利用寡核苷酸延伸法进行纯化DNA片段的放射性标记
1. 在一个0.5ml的微量离心管中加入溶于30μl水的模板DNA(25ng)及1μl随机脱氧核苷酸引物(约125ng)。盖紧微量离心管,置于沸水浴中2min。
2. 将微量离心管移至冰上放置1min,4℃下离心10s使引物与模板的混合物沉降至管底,将微量离心管重新置于冰上。
3. 在引物与模板的混合物中加入:
5 mmol/L dNTP溶液 1μl
5×随机引物缓冲液 10μl
10 mCi/ml [α-32P] dNTP 5μl
(比活性3000 Ci/mmol)
水 加至50μl
5×随机引物缓冲液:
250 mmol/L Tris (pH8.0)
25 mmol/L MgCl2
100 mmol/L NaCl
10 mmol/L 二硫苏糖醇(DTT)
1 mol/L HEPES(用4mol/L NaOH调至pH6.6)
1 mol/L DTT贮存于-20℃,临用前用水稀释,使用后弃去稀释的DTT
4. 加入5单位(约1μl)的Klenow片段,轻弹管壁以混合各组分。以最大速度离心1~2s使所有液体沉降到管底。反应混合物室温下反应60min。
5. 在反应液中加入10μl NA终止/贮存缓冲液,可根据需要进行以下步骤。
NA终止/贮存缓冲液:
50 mmol/L Tris-Cl(pH7.5)
50 mmol/L NaCl
5 mmol/L EDTA(pH8.0)
0.5% (m/V) SDS
贮存放射性标记的探针于-20℃以备杂交用。
或
通过离心柱层析分离放射性标记的探针与未结合的dNTP或以乙酸铵和乙醇选择性地沉淀放射性标记的DNA。如果>50%的放射性dNTP已在反应中掺入,可不进行该步骤。
另法
1.1.5ml微量离心管内依次加入:
10~200ng模板DNA(溶于1~9μl水)
灭菌双蒸水加至9μl
2.离心管加热至100℃ 5min即置入冰浴,短暂离心。
3.冰浴上依次加入:
2μl 10×反应缓冲液
1μl 0.5 mmol/L dATP(终浓度25μmol/L)
1μl 0.5 mmol/L dGTP(终浓度25μmol/L)
1μl 0.5 mmol/L dTTP(终浓度25μmol/L)
5μl α-[32P] dCTP(终浓度0.83μmol/L)
1μl大肠杆菌DNA聚合酶I Klenow大片段(2U)
4.37℃温育30min。
5.当温育反应物时,同时制备Sephadex G-50自旋转,2000×g离心2 min。
6.加入2μl 0.2mol/L EDTA(pH8.0)终止反应。反应混合液装样至自旋柱,2000×g离心4min。
7.取1μl柱洗脱液用液闪仪计数。用于杂交实验前,应将探针加热至100℃ 5min使之变性,随即置入冰浴5min。