地山雀(Parus humilis)是青藏高原的特有鸟种，属山雀科鸟类。由于其形态特征与地鸦相近，曾长期被认为是鸦科鸟类，并被命名为“褐背拟地鸦”。
中科院动物研究所动物进化与系统学院重点实验室雷富民研究员领导的鸟类学研究组与诺禾致源合作，对地山雀开展全基因组de novo测序，同时对另外两种山雀(大山雀和黄颊山雀)以及黑尾地鸦进行了重测序比较分析。研究结果从基因组水平进一步确证了地山雀是“山雀”而非“鸦” 的分类地位，并初步揭示了该物种适应青藏高原极端环境的遗传印迹。
结果显示，地山雀与黄颊山雀、大山雀的亲缘关系很近，估算分化时间在7.7-9.9个百万年之间。通过与原鸡、火鸡和斑胸草雀的基因组数据比较，发现地山雀基因组中与能量代谢相关的基因家族发生了扩张，而与免疫和嗅觉相关的基因家族发生了收缩;通过对7190个直系同源基因的比对，发现与低氧反应和骨骼发育相关的基因经历了正向选择以及不同程度的快速进化。上述结果进一步揭示了地山雀为适应青藏高原的特殊环境，产生了基本的生存适应策略演化，以及由山雀向鸦的形态特征转变。
该成果于7月1日在线发表于Nature Communications杂志(doi:10.1038/ncomms3071)。
本研究得到国家杰出青年科学基金(30925008)、重大国际合作基因(31010103901)以及动物研究所生命科学领域“十二五”基础前沿研究专项(KSCX2-EW-J-2)等的资助。
对68个单拷贝直系同源基因的系统发育分析，揭示了地山雀与大山雀和黄颊山雀比黑尾地鸦具有更近的亲缘关系。其分化时间(红色数据)及支持率(节点上部)见图中的相应标识。
• 在美国人类遗传学会（ASHG）年会上，因美纳5碱基解决方案的早期试用客户——伦敦健康科学中心研究所将展示该技术在加速罕见病病例解析方面的强大潜力。• 因美纳专有的5碱基化学技术......
人类基因组中存在大量具有"跳跃"能力的逆转座子（retrotransposon）序列。在胚胎发育早期、免疫和神经系统等特定阶段和环境下，它们会被激活，发挥重要生理功能；在病毒感染、......
橡胶树是天然橡胶的主要来源。“橡胶树育种面临的主要困难在于周期长和效率低，通过常规育种方法将多抗、高产性状聚合往往需要30~40年。”中国热带农业科学院橡胶研究所研究员程汉告诉《中国科学报》。然而，目......
记者宋喜群、冯帆从山东农业大学获悉，该校农学院教授孔令让研究团队首次组装了小麦远缘杂交常用物种中间偃麦草和鹅观草染色体水平的高质量基因组序列，解析了二者基因组结构差异与独立多倍化演化路径，对两者携带的......
近日，中国农业科学院烟草研究所烟草功能基因组创新团队发现烟草分枝发育“开关基因”，预示着未来作物株型调控有了新靶点。相关研究成果发表在《植物生物技术》（PlantBiotechnologyJourna......
薇甘菊作为全球十大最具危害的恶性入侵杂草之一，以其惊人的繁殖速度和强大的环境适应性，在亚洲、太平洋地区及中国华南地区造成严重生态破坏。然而，其基因组层面的适应性进化机制长期未被系统解析，制约了科学防控......
近日，中国科学院大连化学物理研究所研究员周雍进团队与上海交通大学副教授鲁洪中合作，在酵母系统生物学研究中取得新进展。研究团队通过整合分析全球1807株酿酒酵母菌株的基因组与生态位数据，构建了高覆盖度的......
近日，中国农业科学院农业基因组研究所农业基因编辑技术创新团队深入解析了中亚野猪种群在跨越欧亚大陆百万年的迁徙历程中适应环境的独特遗传密码，为理解大型哺乳动物如何应对环境变化提供了全新视角。相关研究成果......
记者21日从国家乳业技术创新中心获悉，该中心技术研发团队成功研制出奶牛种用胚胎基因组遗传评估芯片和“高产、抗病、长生产期”功能强化基因组预测芯片。该系列基因芯片具有完全自主知识产权，填补了我国基因芯片......
人类基因组中超98%的遗传变异位于非编码区，这些变异通过调控染色质可及性、三维构象、剪接加工等多种分子机制影响基因表达，最终导致疾病发生。由于调控机制的复杂性和细胞类型特异性，目前解读非编码变异的分子......