动物细胞基因组DNASNP的生物芯片检测3

3.3、寡核苷酸DNA微阵列芯片检测SNP技术：
寡核苷酸芯片检测基因突变技术是基因芯片技术的一种。该技术用于检测基因突变的基本原理是在玻璃、硅等载体上，根据检测需要，设计、固定多个特异的寡核苷酸探针。而后将大量经扩增、体外转录等技术掺入荧光标记分子的待测DNA样品与之杂交，若两者存在至少一个碱基的差异时，即可产生杂交结果即荧光信号值的差异。以此来判断待测样品与芯
片上的哪一个探针完全配对，即可得出待测样品特定位点的碱基序列，从而判断是否存在突变及突变位点和类型。该法具有准确、快速、高效和高通量地分析生物基因信息的优点。
图27-7 琼脂糖膜的高碘酸钠活化及氨基修饰的DNA分子探针的固定
图27-8 p53基因突变的寡核苷酸DNA微阵列芯片检测（PNAS 1999,96:7382-7387）
人类p53位于1713，全长16~20，含有11个外显子和10个内含子，分为野生型、突变型及介于两者之间的杂合状态等3种类型。最常见的p53突变为点突变，而点突变最常见的是单个碱基替换。p53结构上有5个进化上的高度保守区，多数p53基因突变是发生在这些保守区内的5~8外显子上。p53基因突变是人类多种恶性肿瘤最常见的基因改变，约有50%以上的肿瘤患者发现有p53突变。因此检测p53基因突变对于确定肿瘤的病因!判断预后以及治疗方案的制定具有十分重要的意义。

p53基因突变的寡核苷酸DNA微阵列芯片检测如图27-8示意。阵列上的DNA探针5个一组。 每个探针除一个位点错配外，其他碱基与参考序列互补，称为“置换”位置。在“置换”位置，包括四种可能的核苷酸(A、C、G、T) 和一个碱基的缺失。杂交条件优化后，荧光标记的待测DNA只与其序列最匹配的探针杂交，取得相对与组内其他四种探针更高的荧光信号。Affymetrix公司p53基因突变检测寡核苷酸微阵列芯片包含针对p53基因每个碱基的探针组（5个探针/碱基）。图27-9 显示了荧光标记的p53基因外显子PCR扩增产物与p53基因突变检测寡核苷酸微阵列杂交后的荧光图象。

示例图片：

图27-9 荧光标记的p53基因外显子PCR扩增产物与p53基因突变检测寡核苷酸微阵列杂交后的荧光图象（Nucl. Acids Res. 2005, 33: e90）

图27-10 The genomic SNP detection assay. Human genomic DNA is hybridized to microarray- immobilized capture oligonucleotides harboring a single-nucleotide variation. After removing unbound gDNA, oligonucleotide-modified gold nanoparticles hybridize to the captured target nucleic acid. Following a wash step, signal amplification is performed. During this step, elementary silver is deposited on the gold nanoparticles, greatly enhancing their light-scattering ability. (From: http://www.devicelink.com/ivdt/archive)