发布时间:2016-04-21 11:02 原文链接: 华人学者NatureMethods发布单细胞测序重要工具

  新一代测序技术(NGS)大大增进了我们对疾病(比如癌症)的理解。不过NGS的研究对象是细胞群体,会掩盖细胞之间的异质性。正因如此,单细胞测序(SCS)技术受到了越来越多的关注。

  德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员开发了首个用于单细胞DNA测序的突变检出程序,Monovar。这一重要成果发表在四月十八日的Nature Methods杂志上,文章通讯作者是MD安德森癌症中心的助理教授Ken Chen博士和Nicholas Navin。Chen博士本科毕业于清华大学,随后在Illinois大学取得博士学位。

  单细胞测序技术对许多生物学领域产生了很大的影响,包括癌症研究、神经生物学、微生物学和免疫学,大大推动了人们对肿瘤特性的认识。不过研究者们一直缺乏在单细胞测序数据中准确检测单核苷酸变异(SNV)的工具。“为此我们开发了Monovar,”Nicholas Navin博士说。“Monovar是一种新统计方法,能够利用多个单细胞的数据发现SNV。”

  研究人员认为Monovar是单细胞测序评估SNV的一大进步,能够为人们提供多种疾病的关键信息。精确检测SNV对于癌症诊疗、个性化医疗和产前诊断非常重要,而Monovar在这些方面有着广阔的应用前景。

  单细胞基因组学领域近年来发展得非常迅速,为人们揭示了复杂生物学体系的许多重要线索,包括微生物群落的生态多样性和人类癌症的基因组。一月二十五日Nature Reviews Genetics杂志发表的一篇重要综述,全面介绍了单细胞基因组测序的发展现状。文章的通讯作者是著名科学家、斯坦福大学生物工程系主任Stephen R. Quake。

  细胞间差异和异质性是干细胞群体固有的基本特性。如果我们对一群细胞进行组学分析,这些关键的信息就会被掩盖。单细胞测序技术可以在同种干细胞中全面剖析细胞异质性,鉴定不同表型的细胞。北京大学的研究员汤富酬和文路在四月十五日的Genome Biology杂志上发表文章,深入浅出的介绍了干细胞生物学研究中的单细胞测序技术。

相关文章

全球首个奶牛多组织单细胞表达图谱诞生

中国农业大学动物科学技术学院教授孙东晓团队构建了覆盖奶牛59种组织、179万个细胞的多组织单细胞表达图谱,为解析牛重要性状遗传调控机制、推进精准育种及探索人类疾病的牛模型研究提供了重要资源。9月5日,......

科学家首次评估单细胞固氮蓝藻的全球固氮通量

厦门大学教授史大林团队基于在西北太平洋副热带流涡区开展的高分辨率观测,定量分析了固氮生物群落的丰度、结构和固氮速率,进而应用广义加性模型刻画的优势固氮蓝藻的生态位特征预测了其在全球海洋的主要分布格局,......

研究发现食用肉类或可防癌

日前,一项发表在《应用生理学、营养学与代谢》期刊的最新研究发现,摄入动物源性蛋白质食物与死亡风险升高无关,甚至可能降低因癌症死亡的风险。研究人员分析了近16000名19岁及以上成年人的数据,考察了人们......

研究宿主基因与环境因素的交互作用是癌症预防和治疗的关键

过去50年间,研究技术和疾病模型的进展使人们得以深入理解肿瘤细胞的周期调控、细胞凋亡、细胞运动、侵袭以及免疫失调等机制,推动了癌症诊断和治疗领域的重大进步,癌症的5年生存率从20世纪50年代的35%上......

科学家开发出基因挖掘新策略

得益于双子叶模式植物拟南芥和单子叶模式植物水稻的遗传学研究,植物发育生物学在过去40年取得了长足发展。植物分生组织(干细胞)的建立与维持机制、重要组织和器官的分化轨迹及其核心调控网络已初步建立。这些基......

研究提出单细胞多组学新方法实现胰腺癌循环肿瘤细胞多维度解析

近日,中国科学院广州生物医药与健康研究院研究员林达等报道了新开发的单细胞多组学技术——Uni-C。该方法可在一个细胞中同时解析基因组大尺度结构变异(如SV、CNV、ecDNA)、小尺度突变(SNP/I......

呼吸道感染可能增加癌症转移风险

一项研究指出,呼吸道病毒能促使转移性乳腺癌细胞在乳腺癌小鼠模型的肺部增殖。这些发现得到了人类观察性数据的支持。该研究进一步阐释了传染病与癌症转移的关系。科学家在7月30日出版的《自然》上报告了这一研究......

肿瘤基因检测国家一级标准物质

EGFR基因检测是肺癌患者选择靶向治疗药物的常规检测项目。在许多临床应用中利用DNA甲基化作为早期检测、诊断和个人治疗的生物标记物。而DNA甲基化在癌症早期诊断中具有重要价值,高甲基化可导致基因沉默,......

水稻多器官单细胞多组学图谱问世

记者杨舒从中国农业科学院生物技术研究所获悉,该所作物耐逆性调控与改良创新团队日前联合国内外研究机构,构建了首个水稻的多器官单细胞多组学图谱,系统解析了水稻不同细胞类型的功能及其对复杂性状的调控作用,有......

我国科学家新成果为高效癌症免疫治疗提供新思路

以anti-PD-1/PD-L1抗体为代表的免疫检查点阻断(ICB)疗法是肿瘤治疗领域的革命性进展,但ICB在大多数肿瘤患者和癌症中的治疗效果仍亟待提高。ICB疗效受限的一个重要原因是肿瘤组织内细胞毒......