(1)因腹痛、头痛、呕吐等均为儿科常见症状,故诊断时一般多考虑常见病、多发病,诊断思路易局限，如以少见症状为首发表现则更易误诊误治，有患儿误诊为“角膜炎”长达8年
(2)本病诊断主要依据脑电图的图样放电，但有时临床症状出现比脑电图改变要早数月甚至数年
(3)脑电图
样放电是阵发性而非持续性，由于时间、条件限制，脑电图不易捕捉到样波形。 为避免对这类疾病的误诊,应做到以下几点：
对于不明原因的腹痛、呕吐、头痛患儿，特别是伴有植物神经功能紊乱和/或有自动症表现的患儿,在排除了相关疾病，,应尽早做脑电图检查，最好是在发作时做此检查，且要反复多次做，有条件者最好做24小时动态脑电图或行剥夺睡眠脑电图检查。因本病是部分性发作患儿大脑皮质局部神经细胞的损伤具有更多的应激性，从而更易诱发电活动，剥夺睡眠脑电图有助于提高诊断阳性率；对症治疗无效者，且排除了相关疾病，可考虑诊断性抗治疗，如症状消失，不再反复，提示治疗有效，疗程超过发作周期而未再发作，也是诊断本病的一个重要依据。