单细胞测序方法这么多，用户该如何选择？

　　生物分子资源实验室协会（ABRF）是一个独特的会员协会，由700多名在资源和科研生物技术实验室工作的科学家组成。近日，ABRF 2019年会在美国圣安东尼奥市举行。与会人员称，研究人员目前有越来越多的单细胞测序方法可供选择。

　　去年，ABRF的基因组学研究小组以乳腺癌细胞系为研究对象，报告了多个单细胞RNA测序平台的优缺点，希望能够帮助研究人员找到最合适的平台。

　　在今年的会议上，发言者讨论了一些系统的优缺点，以及单细胞技术与其他组学技术如何互补。苏黎世联邦理工学院的EmilioYángüez在会上表示：“单细胞测序正在改变我们对生物过程的了解。”他指出，现在有许多不同的方案，可用于单细胞的分离和分析，而有些可能更适合某种类型的研究。

　　美国罗切斯特大学功能基因组学中心的联合主任、微生物学和免疫学助理教授John Ashton表示：“选择什么样的平台，取决于您的目标。”在有些项目中，研究人员会选择多个平台，或综合不同领域的工具，以满足他们的需求。

　　Yángüez表示，他所在的苏黎世功能基因组学中心作为单细胞测序方面的专家，拥有多个平台，适用于单细胞测序流程的各个方面，包括Fluidigm C1、10X Genomics的Chromium、Illumina的Smart-Seq2，以及华盛顿大学开发的SPLiT-seq方法。

　　Yángüez认为，某些类型的样本更适合某种平台，这取决于多个因素，包括细胞数量、细胞异质性、所需的覆盖度，以及下游分析。他指出，高度异质性的样本或临床样本最适合10x的平台，而样本数量少或测序覆盖度高的项目最适合Smart-Seq2。

　　在同一个项目中，Yángüez往往会使用多个平台。例如在研究肿瘤细胞时，他一开始使用10x的平台来鉴定细胞，然后利用鉴定出的细胞标志物来进行分选，之后采用Smart-Seq2方案对不同的细胞群进行更深度的鉴定。

　　与此同时，美国奥本大学的Fernando Biase将细胞谱系追踪方法与单细胞测序相结合，来研究早期发育阶段的分化。他曾于去年9月在《iScience》杂志上介绍了这种称为Rainbow-seq的方法。

　　Rainbow-seq是基于哈佛大学开发的Brainbow载体，它含有四种不同的荧光蛋白基因，可整合到细胞的基因组。经过处理后，细胞发出荧光，便于分裂时的追踪。将此方法与Smart-Seq2相结合，Biase追踪到哪个细胞发育成囊胚的哪个部分，然后寻找基因表达的相应变化。

　　Biase发现，小鼠细胞谱系在4细胞阶段就存在不同的分子图谱。他进一步指出，即使在2细胞阶段，细胞似乎也有所不同，因为子细胞分布不均匀，其中一个谱系贡献了更多细胞到与外胚层相关的内细胞团。

　　研究人员认为，单细胞方法和应用的增加也意味着人们需要优化更多步骤，并开发出最优方法。

　　“单细胞RNA-seq技术和方法正在迅速发展和改进，我们必须适应这一点，”Ashton谈道。“这些新技术需要优化和测试，才能了解它们在您手中如何发挥作用。”