取样检测厌氧微生物时，很重要的一点是食品样品中不能含有游离氧。例如在肉的深层取少量样品后，要避免使之暴露在空气当中。如只能抽取小样品，或需使用棉拭子取样时，就要用一种合适的转接培养基（如Stuart运送培养基）来降低氧的浓度。例如，如使用藻酸盐羊毛拭子取样后，就不能再放入原来的试管，而应放在盛有Stuart运送培养基的瓶中。棉拭子使用前要先用强化的梭菌培养基浸湿。
