发表论文的捷径？线粒体测序论文太多

　　David Roy Smith是来自加拿大韦仕敦大学的一位生物学助理教授，近期他在The Scientist杂志上发文，指出目前涌现了太多线粒体基因组测序论文，2014年GenBank中新增的线粒体基因组序列信息多达上千条，这几乎比上一年激增了15%。

　　Smith指出，很少有人会质疑这些线粒体DNA (mtDNA)作为一种遗传标记的有效性，但是显而易见，mtDNA测序已经成为了通过同行评审发表论文的一种捷径。这些关于线粒体基因组的论文的意义何在？mtDNA序列能直接进入GenBank吗？从线粒体基因组数据中我们还能获得哪些新的观点，重大的发现？

　　线粒体DNA的重要性

　　1981年首个非病毒基因组测序完成，这就是人类线粒体DNA（mtDNA），由此促进了核基因组项目的构建。之后到九十年代初期，科学家们又完成了几十个其它生物，如陆地植物和原生生物的线粒体DNA测序，这也推动了比较基因组学这一新兴领域的出现。

　　随着Sanger测序技术的进步，完成整个mtDNA测序更容易，更便宜，因此一大波动物线粒体基因组测序涌现。但故事的转折点在于大规模平行测序技术的出现，二代测序平台上完成单次全基因组DNA测序，就能以高覆盖率产生了足够mtDNA读长，完成完整线粒体基因组或线粒体转录组的组装。

　　今天，线粒体基因组已经成为最广泛使用的遗传标记，一些人还认为线粒体基因cox1可以作为真核生物多样性分析的通用遗传条码。考古学家和法医科学家们依靠mtDNA完成他们的工作，因为mtDNA具有单亲遗传模式，高拷贝数和相对于核DNA的低衰变率。医学研究人员利用mtDNA分析，诊断和治疗线粒体疾病，后者也正是最常见的遗传性疾病，线粒体遗传学甚至成为了人类生殖技术的一个组成部分。

　　其中更为重要的是，线粒体能提供一个非常规基因组的无穷库，从庞大的不同花系的mtDNA，到令人费解的连锁mtDNAs，很难想象没有线粒体研究的分子进化领域。

　　未来的发展

　　因此采用先进技术获取的完整线粒体DNA序列在各大期刊中涌现，然而Smith指出，一些论文解析了基础问题，但是却很少有新知，或新观点，这表明一些研究人员只是希望积累论文，而不是取得科研进展。

　　这些已测序的mtDNAs中，90%是后生动物，只有大约3%是原生生物，这样的数据分布并没有反映了真核生物多样性，而是因为许多真核微生物难以培养，其mtDNAs也复杂，因此要完成测序不容易。不过这种现状可能很快就会得到改善。

　　近期海洋微生物真核转录组测序项目已经启动，Smith参与了该项目，项目发布了上百份海洋原生生物的转录组数据，这将有助于该领域的发展。宏基因组学也是微生物线粒体研究的一大阻力，目前也有一些新的进展。

　　进一步考虑，许多真核生物物种也需要其线粒体基因组更详细的构架，Smith指出，也许荧光将传统分子生物学技术与全线粒体基因组测序技术结合在一起，未来关于染色体结构、模式修复、复制和表达，以及线粒体系统中的蛋白质组等方面的研究将是热点，通过这些不同领域的研究，线粒体基因组数据将会变得更为强大。

　　这篇文章最初发表在Briefings in Functional Genomics上。