多名学者推荐全基因组分析转录因子功能新技术

　　来自北卡罗来纳大学教堂山分校，NIH等处的研究人员利用一种新型方法，分析了酵母转录因子Rap1在整个基因组中的结合动态，从而可以更好研究这一转录因子的功能，这一方法将有助于科学家们实时分析转录情况，相关成果公布在Nature杂志上。

　　对于这一成果，来自法国国家科学研究中心的François Parcy表示，在生物学中，了解转录调控的规律发展十分重要，譬如染色质免疫共沉淀测序技术(chromatin immunoprecipitation (ChIP)-seq)或者外显子测序技术(ChIP-exo)之类的方法，能极大的方便全基因组水平，转录因子结合位点的识别……

　　而另外来自加州大学圣地亚哥分校的Trey Ideker和Rohith Srivas则认为，染色质免疫共沉淀微阵列技术(chromatin immunoprecipitation on array, ChIP-chip)或者ChIP-seq都可能扩展转录因子TF-DNA相互作用图谱绘制，但是传统的ChIP-seq只是检测到一个TF的比率，无法提出关于相互作用动力学，或者相互作用强度的信息。

　　这一最新研究则研发了一种被称为“竞争ChIP”的新方法，这种方法能对DNA-蛋白相互作用的动态作出反应，他们利用这种方法测量了酵母转录因子Rap1在整个基因组中的结合动态。

　　研究人员发现了一系列不同的驻留时间，其中较慢的Rap1动态与转录激发耦合在一起，较快的动态与低表达水平耦合在一起。因此，对于传统ChIP分析来说，看似相同的DNA-结合事件也可能会导致相反的功能后果。

　　之前这一研究组曾与其他研究者合作，对染色质免疫共沉淀微阵列技术(chromatin immunoprecipitation on array, ChIP-chip)进行了一次系统的分析测评。这项测评工作向人们提供了关于染色质免疫共沉淀微阵列技术的权威信息，并让研究人员深刻认识到该项技术的优势与局限之处。

　　测评工作的一个核心因素是测评所采用的样品，研究人员仔细合成了2种各包含约100个插入(spike-in)序列的基因组DNA，这些插入序列按一系列已知的摩尔比参杂于其中。各组研究人员在检测这些样品时并不知道这些插入序列的性质、定量范围甚至数目。这次系统分析结果表明，该微阵列方法着实可靠有效。他们认为染色质免疫共沉淀微阵列技术令人印象格外深刻的一点是它不仅能发现靶基因，而且还能确定它们的丰度。

　　“F1000(Faculty of 1000 Medicine)”又名“千名医学家”，是由美国哈佛大学和英国剑桥大学等全世界2500名国际顶级医学教授组成的国际权威机构。