肛管损伤容易诊断，直肠损伤则诊断较难，早期诊断和及时处理十分重要。根据病史和刺入异物的大小、形状、方向、出血、污染等情况，以及受伤体位和姿势，再结合局部体征和指检等检查，可以进行诊断。
视诊检查可见肛门处有原手术或外伤疤痕畸形，有粪便沾染现象。肛指检查见肛管松弛或括约肌收缩功能差等，临床诊断可以确立。原发病因在神经系统和结肠者，要通过神经系检查钡剂灌肠和内窥镜检查等来确立。近年来对肛肠功能检查有一些新的进展，包括肌电描记可见到肌肉张力异常，肛门反射潜伏期加长，肛门皮肤反射和直肠膨胀正常反射消失等。肛直肠腔内气囊测压描记可见到压力图异常。排粪X线造影可见到肛管直肠角消失等，这些检查有助于区分病变、病因和制定合适的治疗方法。