内异症易与下述疾病混淆，应予以鉴别。
（1）卵巢恶性肿瘤 早期无症状，有症状时多呈持续性腹痛、腹胀，病情发展快，―般情况差。B型超声图像显示包块为混合性或实性，血清CA125值多显著升高，多大于100IU／ml。腹腔镜检查或剖腹探查可鉴别。
（2）盆腔炎性包块 多有急性或反复发作的盆腔感染史，疼痛无周期性，平时亦有下腹部隐痛，可伴发热和白细胞增高等，抗生素治疗有效。
（3）子宫腺肌病 痛经症状与内异症相似，但多位于下腹正中且更剧烈，子宫多呈均匀性增大，质硬。经期检查时，子宫触痛明显。出病常与内异症并存。