从立项之初到建设至今，三峡工程始终与争议相伴。
1986年6月启动、历时两年8个月的三峡工程论证工作与可行性研究（简称“原论证”）对于该工程进入正式建设阶段起了决定性的推动作用，一直以来都是争议的焦点之一。
2010年12月17日，中国工程院三峡工程阶段性评估项目组终于对原论证的结论给出了明确的评估意见。中国工程院原副院长、评估专家组组长沈国舫代表专家组表示：“实践证明，‘原论证’的总结论和建设方案是完全正确的。”其“建比不建好，早建比晚建好”的总结论；推荐水库正常蓄水位175米；“一级开发，一次建成，分期蓄水，连续移民”的建设方案，为党中央、国务院和全国人大的决策提供了科学依据，并经受了工程建设和初期运行的实践检验。
不过，与此同时，项目组也指出：“三峡工程是一项巨大的综合性工程，其运行的效益和影响的显示还需要一个较长的过程才能充分显现出来。本次评估只是一个阶段性工作。”
在12月17日首次发布的《三峡阶段性评估报告・综合卷》中，专家组指出，未来三峡工程还有三大重要问题需要给予持续关注。
水质问题成隐患 在项目组给出的评估意见中，生态环境专题属于科学和工程技术学科，又与经济社会发展有着极为密切的联系。项目组认为，目前看来，三峡工程生态环境问题及其影响基本上没有超出“原论证”报告的预测范围，在定量的预测上有些出入，但尚不至于产生大的不良后果。
原估计不足或始料未及的问题主要有：库区结构性污染突出，污染物排放量远高于原预测；没有注意到影响区、上游区污染物排放和水质的不利影响；对农村面源污染估计不足。
沈国舫表示：“尽管到目前为止，三峡干流部分的水质仍保持在较好水平，但部分支流及其向干流汇入区域的水质已有明显恶化迹象。对这个问题如不从更广泛的角度加以认知和对待，必将对未来造成巨大的隐患。”
据了解，三峡库区水质的好坏和变化，不仅取决于库区内的污染物排放和污染治理状况，同时也与上游来水的质量密切相关。三峡库区上游流域面积大，接纳的城市生活污水和农村面源排放的氮磷污染物多，相当一部分回流到库区，是导致库区一级支流富营养化的重要原因。
三峡总公司原总经理、中国工程院院士陆佑楣指出，随着三峡地区经济的发展，目前三峡库区人口有倒流的现象。而依据项目组的意见，为保证三峡库区拥有良好的生态环境，应将三峡库区列为“控制性”、“保护性”发展区域，严格控制人口规模，达到“零增长”，尽可能实现负增长，同时将库区列为农业现代化重点先行区，采取综合措施减少面源污染。
两院院士潘家铮大力呼吁，为了三峡水库以及长江的水质，长江沿岸的百姓一定要改变千百年来将长江当做“天然下水道”的做法。
中国长江三峡集团公司总经理陈飞告诉《科学时报》记者，当前的一个不合理现象是，库区和上游城镇已经建设了大量污水处理和垃圾处理系统，却没有真正地运行起来。他强调，三峡水库的水质问题不仅是三峡库区的问题，也是长江流域180万平方公里几亿人口应共同关注的问题。
地质灾害三五年内要充分重视 在阶段性评估项目组出具的报告中，专家对三峡工程的热点问题进行了认真分析，指出三峡不会成为“第二个三门峡”；川渝大旱和暴雨等与三峡工程没有必然联系；总体上讲，三峡工程不会引起长江口的盐水入侵增加等等。
其中，有关地质灾害的话题成为大家关注的重点。专家组得出如下结论：汶川地震并非由三峡水库蓄水触发；库区地质灾害是可以控制的；三峡蓄水后，长江中下游的河势总体上未发生巨大变化，“崩岸”现象虽较蓄水前有所增多，但采取切实措施是可以保证堤防安全的。
项目组指出，三峡河谷发育历史表明，该地区滑坡崩塌地质灾害是自然演化的过程，环境比较脆弱，环境容量有限，崩塌、滑坡灾害是一个必然要发生的动力地质现象。
依照国内外已有水库蓄水的经验，推断三峡水库蓄水175米后至运行初期的3～5年内，可能会产生滑坡及涌浪灾害，应予以充分重视。地质灾害防治将是一项长期的艰巨任务，5年后也仍需予以监控治理。
移民安居致富任重道远 三峡工程移民人数众多，情况复杂，是三峡工程建设的难点和关键，也是社会关注的焦点。
据悉，三峡移民搬迁安置从1993年开始，按不同高程分段实施。截至2008年6月底，三峡库区175米高程以下移民搬迁任务已全部完成，淹没涉及的12座城市和114座集镇已完成整体搬迁。累计搬迁移民逾120万人。外迁到四川、江苏、上海等12个省份的20万移民已基本融入了当地生活。
沈国舫代表项目组表示，截至目前，三峡库区移民工作已经取得阶段性成果，移民“搬得出”的任务已基本完成，但是要真正实现“稳得住、逐步能致富”的目标还任重而道远。
据介绍，当前三峡库区还存在这样一些问题：由于耕地少，库区“人多地少”的基础性矛盾比工程建设前更加突出，部分后靠农村移民耕地资源严重不足且质量不高，生产生活困难。库区产业发展基础差，支柱产业尚未形成产业链，经济总量低、竞争力弱，导致城镇失业率高，移民劳动力就业困难，同时移民社会保障问题突出。
项目组认为，三峡库区存在的上述问题，直接影响到库区经济发展和社会稳定。从建设环境友好型和资源节约型社会的要求出发，最根本的出路是减少库区人口。
为此，项目组建议，要大力创造三峡库区人口外向型转移的机遇和机制。对口支援的省份要制定有效吸纳三峡库区劳动力的机制，制定劳动力转移指标，为库区劳动力长期居住和创业创造有利的环境和条件，以此逐步减少库区人口，改善库区生态环境。
