传统的手工挑取微生物克隆是一个费时烦人且易出错的过程。微生物克隆筛选系统一小时可以完成3000 个克隆的挑取，而一个熟练的人工只能挑取约600 个克隆。自动化系统的速度相比人工提高了至少5 倍，最关键的是更加准确，有效性>98%。微生物克隆筛选系统的荧光成像模块可以显著减少下游的工作量，因为通过对荧光蛋白表达的定量，实现了有目的性筛选，确保只挑感兴趣的克隆。
多组荧光波长滤光片可以灵活选择多样的荧光克隆载体，获得所有克隆的客观和定量的荧光数据。当研究蛋白折叠或分泌、酶进化或蛋白定位的时候，可以追踪荧光蛋白获得单个克隆的独特数据。此外，还可以筛选某种转化标记或者筛选突变体。
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