手术治疗的指征为：
(1)药物治疗失败或因药物严重不良反应不能耐受者。
(2)甲状腺不能排除恶性者。
(3)甲状腺肿大局部有压迫症状(喉返神经，气管)。
实际上妊娠期须施行甲状腺部分切除者很少，如需手术最好在妊娠中期进行，术前应给予碘剂7～10天。手术并发症与非孕期同，可有喉返神经损伤及甲状旁腺功能减退(1%～2%)。早孕时手术治疗流产发生率约8%。
