1.一般治疗
（1）调整排便习惯：养成定时排便的习惯，有助于改善肠道功能。
（2）饮食疗法：增加膳食纤维摄入可加强肠道内水分的吸收，有助于控制轻度肛门失禁的症状。
（3）心理治疗：部分患者伴发的神经精神症状为心理性的，进行心理治疗会有一定疗效。
（4）坐浴：可以放松肛门括约肌，对部分患者有效。
2.药物治疗
根据不同类型选择用药，功能性肛门失禁选用盐酸洛哌丁胺胶囊、苯乙哌啶、蒙脱石散等抗腹泻药物；功能性排便障碍选择泻剂来改善便秘症状；功能性肛门直肠痛可选择硝苯地平、地尔硫卓、硝酸甘油软膏、沙丁胺醇等缓解疼痛。另外可酌情使用抗抑郁或抗焦虑药物，如选择性5-羟色氨、三环类药物等。
3.生物反馈治疗
通过多次正反尝试训练，可以提高盆底肌肉的协调性和舒张感知能力，此治疗方法对部分患有效，生物反馈的成功与否与患者对整个治疗过程的接受意愿有一定关系。