原发性抗磷脂综合征的治疗主要是对症处理、防止血栓和流产再发生。
抗凝治疗主要应用于APL阳性伴有血栓患者。对无症状的抗体阳性患者不宜进行抗凝治疗。常用的抗凝药物：肝素及低分子量肝素、华法林、抗血小板药、羟基氯喹等。在慢性期以口服抗凝治疗为主，长期抗凝治疗会降低血栓的复发率，但亦会增加出血机会，应特别注意。抗凝治疗应监测INR，对动脉血栓应控制在2.5～3.0，静脉血栓则宜在2.0～3.0。一般认为对经良好抗凝治疗仍有血栓发生的患者，可试用羟基氯喹。
对血小板>50×109的轻度血小板减少而不合并血栓的病人，可以观察；对有血栓而血小板<100×109病人要谨慎抗凝治疗；血小板<5×109禁止抗凝，可以用强的松1～2mg/kg/d，大剂量静脉丙球注射，400mg/kg，待血小板上升后抗凝治疗。
恶性抗磷脂抗体综合征一般主张抗凝并同时使用较大剂量激素，必要时联合使用血浆置换和静脉注射免疫球蛋白。
美国血液学会建议APS患者的静脉血栓的治疗如下：
①确定基础PT时间是否正常。
②对初发患者口服抗凝治疗目标国际标准化比率（INR）为2.0～3.0至少持续治疗12个月。
③治疗其他高凝因素，如叶酸治疗高同型半胱氨酸血症。
④对于复发患者采用更高INR3.0～4.0，或替代抗凝治疗如低分子量肝素或免疫抑制。
APS患者的动脉血栓的治疗：
①确定基础PT时间是否正常。
②对初发患者口服抗凝治疗目标INR为2.5～3.5，至少持续治疗12个月。
③治疗其他的高凝因素，如高胆固醇血症和高血压。
④复发患者，采用INR3.0以上，抗血小板治疗、替代抗凝药物如低分子量肝素或免疫抑制。