共聚焦显微镜之所以能很好地克服传统的光学显微镜景深低的问题,主要是因为传统的光学显微镜使用面光源将光斑中的样品同时激发,当放大倍率增大,光学系统景深降低时,就会有很多未聚焦的信号被采集,导致无法在整个视野内得到清晰的图像。而共聚焦显微镜使光源前的针孔与检测器前的针孔形成共轭,因为只有靠近焦平面的信号才能被检测到,因此图像的光学分辨率,特别是在样品的深度方向上,远远优于传统的宽视野显微镜,结合激光光源的方向性好、高亮度、相干性好的特点,可以获得质量更高的图像。同时利用激光光源可以激发相对应激发波长的荧光成分,减少干扰荧光的影响。可以利用激光单色性好的特点实现单色光成像;若不对传统光源(例如氙灯、汞灯等,其光源波段都相当长)进行滤波处理,传统的光学显微镜很难实现单色光成像。
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