环状RNA研究方法（二）

在此基础上，哪些环状RNA分子发生了差异表达？在这里火山图、Venn图应有尽有。根据p<=0.05和FC>=2的标准，一共发现42个环状发生上调，47个环状发生下调。

图3. 差异环状RNA的筛选

2. 差异环状RNA分子的qPCR验证

对于一篇做谱的文章，差异环状RNA的结果验证只需做到qPCR即可。对5个上调和5个下调的环状RNA分子低通量qPCR结果和高通量的测序结果一致。

图4. 差异RNA分子的qPCR验证

3. 差异表达的环状RNA分子功能预测

GO分析和Pathway分析作为功能预测当中必不可少的一部分也被涵盖在本研究当中，包括结合、催化、细胞因子和细胞分泌等GO条目均发生富集。KEGG分析预测结果显示差异环状RNA的靶基因与MAPK信号通路相关（Cacna1e、Mras、 Prkcb、Ptpn7），要知道最近的报道显示EGF介导的Ras/Raf/Mek/Erk/MAPK信号通路活化与肠道干细胞增值相关。

图5. 差异表达环状RNA分子的功能预测

海绵机制预测ceRNA网络图。按照海绵机制的反式调控方式，该网络中包括42个上调和48个下调的环状RNA分子，以及预测相互结合的22个靶基因mRNA。

图6. ceRNA网络图

总结：

通过文章解析我们看到这是一篇典型的环状RNA分子做谱文章，文章中展示的结果同大部分做谱文章类似，从表达、差异、富集到靶基因预测，从头到尾一气呵成，但是这样一篇做谱的文章能发表在5.5分的杂志上面是有他的原因的。首先该研究是首次在辐射条件下研究肠道细胞中环状RNA分子的变化，处理方式和解决问题的角度较以往不同，其次生信分析全面并且准确，富集分析当中多个跟肠道细胞增殖、应激过程中的信号通路以及基因相关，说明环状在整个细胞生物学变化过程中起到了重要作用。这样一篇经济实惠且思路清晰的文章相信是环状RNA分子做谱的典范，如果老师您也希望短平快的发表这样一篇文章，欢迎咨询上海云序生物，我们会给您最好的科研服务。