生物多样性测定主要有三个空间尺度：α多样性，β多样性，γ多样性。α多样性主要关注局域均匀生境下的物种数目，因此也被称为生境内的多样性（within-habitat diversity）。β多样性指沿环境梯度不同生境群落之间物种组成的的相异性或物种沿环境梯度的更替速率也被称为生境间的多样性（between-habitat diversity），控制β多样性的主要生态因子有土壤、地貌及干扰等。γ多样性描述区域或大陆尺度的多样性，是指区域或大陆尺度的物种数量，也被称为区域多样性（regional diversity）。控制γ多样性的生态过程主要为水热动态，气候和物种形成及演化的历史。
α多样性
Shannon-Weiner 指数: H= - \
Pielou指数（均匀度指数）： E＝H/InS
Simpson’s 指数（优势度指数）: D=1-\
其中，Ni为种i 的个体数，N为群落中全部物种的个体数。S为物种数目，Pi为属于种i 的个体在全部个体中的比例。
β多样性
Sorensen指数： \
Jaccard指数： \
Cody指数： \
a、b为两群落的物种数，c为两群落共有的物种数，g(H)为沿生境梯度H增加的物种数，l(H)为沿生境梯度H失去的物种数。
Sorensen指数和Jaccard指数反映群落或样方间物种的相似性。Cody指数则反映样方物种组成沿环境梯度的替代速率。
γ多样性
主要指标为物种数（S）
γ多样性测定沿海拔梯度具有两种分布格局：偏锋分布和显著的负相关格局
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