石乐明教授Nature子刊：RNA测序到底可不可靠

　　RNA测序可以检测人类和其他生物的基因表达情况。最近这一方法在生物科学和医学研究中非常流行，而且正在逐渐走向临床应用。与之前的方法相比，RNA测序的优势是便于研究选择性剪切形成的基因异构体或转录本。

　　那么RNA测序到底可不可靠呢？日前，由美国FDA牵头的测序质量控制（SEQC）项目对RNA测序的准确性、可重现性和信息含量进行了综合性评估，并将初步调查结果发表在近日的Nature Biotechnology杂志上。石乐明教授是这篇文章的通讯作者之一。

　　研究团队使用RNA参照样本，在全球多个实验室的Illumina HiSeq、Life Technologies SOLiD、Roche 454平台上进行了检测。（深圳华大基因、复旦大学、华东师范大学等单位参与了这一项目。）研究人员主要是评估RNA测序在接头区域和差异性表达谱中的表现，并将其与芯片和定量PCR（qPCR）进行比较。

　　研究人员发现，所有测序深度都会出现未注释的外显子-外显子连接区域，其中80%以上都得到了qPCR的验证。用RNA测序检测相对表达可以得到准确且可重复的结果，但RNA测序和芯片都不能提供精确的绝对测量，而且研究用到的平台都存在基因特异性的偏好，包括qPCR。

　　数据分析的算法也会对RNA测序产生很大影响，不同算法生成的转录本数据差异很大。研究显示，赫尔辛基大学和曼彻斯特大学开发的BitSeq能生成最可靠的结果，这一方法以概率建模为基础。

　　这项研究获得的完整SEQC数据集拥有超过10Tb读取，为评估RNA测序分析提供了宝贵的资源。