石乐明：快乐行走在药物基因组学研究路上

　　淡泊名利的石乐明非常重视自己国家“千人计划”入选者的身份，他说，这与他参与的大型国际合作研究计划密切相关，在10多个国家100多个单位的近200名科学家参与的MAQC/SEQC大型国际合作研究计划中，作为领衔者，“千人计划”的身份是自己重要的“名片”，更是自己身为中国学者的骄傲。

　　 石乐明的研究成果也一直在为他的“骄傲”加分。近期，石乐明领导的旨在建立RNA-Seq技术规范和数据分析标准的MAQC/SEQC研究计划取得重要进展。该研究计划系统评价了各种新一代测序平台和生物信息学分析策略的技术性能、优势和局限性。

　　 石乐明介绍说，以新一代测序技术为基础的高通量转录组测序（RNA-seq）是一种以RNA为测序对象的研究方法。RNA-seq产生的数据可定性和定量地解析特定生物学状态下的转录组结构及功能。很多科研工作者利用RNA-seq技术对一些基本分子生物学现象（包括基因表达、基因调控、基因变异等）、癌症的发生发展机制、癌症的预防和治疗、药物靶点的预测、新药的研发等进行研究，取得了诸多重要成果。RNA-seq技术可望大力推进基因组学数据的临床应用和个体化医疗的实现，“但RNA-seq数据的质量控制和数据分析方法的可靠性一直困扰着科研工作者，成为限制RNA-seq的研究结果实现临床转化应用的瓶颈问题。”石乐明皱着眉说。

　　 在这条研究路上，石乐明深知突破的艰难和探索的辛劳。身为复旦大学生命科学学院/药学院教授、复旦大学药物基因组学研究中心主任、复旦—张江临床基因组学联合研究中心主任的石乐明，业内都知道他着重于药物安全性和有效性的基因组学研究，但很多人却不知道，石乐明并不是学医学药出身，他读硕士和博士时的研究方向是“计算化学”。石乐明说，他的学术工作、研究生涯的路线从化学信息学、生物信息学起步，然后进入了药物基因组学、个体化用药及医学大数据等领域，而进入医药研究给他带来了无穷的乐趣，并深深热爱上了这个行业。如今，石乐明已经发表学术论文180多篇，获4项创新药物化合物美国ZL授权。

　　 2003年石乐明作为资深研究员加入美国FDA，为阿肯色医科大学兼职研究教授，发起并领导关于基因芯片和新一代测序质量控制标准的MAQC/SEQC大型国际合作研究计划，其研究成果由Nature出版集团发行3个专辑，并建立了专门的网站予以重点推荐，为FDA制定药物基因组学的指南文件提供了科学依据；2011年，石乐明加入复旦大学，创建药物基因组学研究中心。

　　 石乐明为近期在MAQC/SEQC研究计划取得的重要进展兴奋，他表示，研究发现，不同测序技术手段中均存在一定的基因依赖的表达偏好，测量结果的优劣与测序技术平台和数据分析流程的选择关系很大。该研究结果对RNA-seq技术在临床应用中的准确性和可靠性提出了更高更严格的要求，基于该研究结果而制定的质量控制方法和数据分析流程规范将加速推进基因组学数据的临床应用和个体化医疗的实现。

　　 研究成果5篇文章发表在英国自然出版集团出版的世界顶尖学术刊物《自然—生物技术》，2篇文章发表在世界知名杂志《自然—通讯》，3篇文章发表在英国自然出版集团新创刊的《科学数据》。英国自然出版集团则为此于2014年10月出版了包括10篇研究论文在内的关于RNA-seq质量控制的专辑，而这已经是英国自然出版集团为石乐明教授领衔的MAQC组学质量控制联盟出版的第3个专辑。

　　 石乐明说，他和众多科学家还在研究路上继续爬坡，MAQC联盟新的一期大型国际合作研究计划于2014年11月在复旦大学启动，参会代表包括来自美国FDA、哈佛大学等单位的团队核心成员70多人。会议确定了MAQC IV期的研究重点，将开展面向临床应用的组学数据质量控制、数据分析与融合等研究，同时通过典型疾病的应用验证，为实现个性化医疗提供成功的范例。