传染性心内膜炎在发病机制上与亚传染性心内膜炎有所不同，50.0%～60.0%发生在正常的心瓣膜上。病原微生物一般来自皮肤、肌肉、骨骼或肺等部位的活动性病灶，其毒力较强，具有高度侵蚀性（如金黄色葡萄球菌、A组链球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等）和黏附力，可直接侵犯瓣膜引起感染。
早期，瓣膜闭锁缘上可见污秽黄色脓性渗出物覆盖，瓣膜可被破坏，坏死组织脱落后形成溃疡，其底部多有血栓形成。血栓、坏死组织和大量细菌菌落混合在一起，形成疣赘物。此种疣赘物一般较大，质地松软，灰黄色或浅绿色，易脱落而形成带有细菌的栓子，可引起大循环一些器官的梗死和多发性栓塞性小脓肿（脓毒血症）。严重者，可发生瓣膜破裂或穿孔和（或）腱索断裂，可导致急性心瓣膜关闭不全而猝然致死。镜下，瓣膜溃疡底部组织坏死，有大量中性粒细胞浸润及肉芽组织形成。血栓主由血小板、纤维素构成，混有坏死组织和大量细菌。
