先天性高胰岛素性低血糖血症应与外源性胰岛素或磺酰脲类药物应用、新生儿一过性高胰岛素血症、胰岛素瘤、糖原累积症及Beckwith-Wiedemann综合征等相鉴别,可通过血胰岛素测定、影像学及基因检测等方法进行鉴别诊断。