变形菌属、莫根菌属、普鲁菲登菌属的致病力不强，为条件致病菌，往往在患有原发疾病的病人中引起各种感染，其中以尿路感染最常见，主要由奇异变形杆菌引起，常发生于尿路阻塞性病变的基础上。由于其尿素酶可以分解尿素产氨，使尿液pH增高，碱性环境有利于变形杆菌生长，并使肾小管上皮细胞受损而易于形成结石。此外，细菌的菌毛可增强其在肾盂上皮细胞的粘附能力；细菌鞭毛促使细菌在尿路中扩散。其他吲哚阳性菌属包括莫根菌属、普鲁菲登菌属等则可引起伤口感染、肺炎、败血症等医院内感染；斯氏普鲁菲登菌则是长期留置静脉导管病人发生菌血症的重要病原菌之一。变形菌属还可引起皮肤、耳、乳突等部位的感染，亦可为与其他细菌的混合感染。
