炎性肠病可出现许多的皮肤，黏膜，浆膜和眼部表现，其中以皮肤损害最多见，占10%～25%，结节性红斑和肠道疾病活动相平行，且在活动性外周关节炎患者更易出现，可能是一种疾病相关性表现，坏疽性脓皮病是一种更严重但少见的关节外表现，与肠道和关节疾病不相关，也许是一种并发的疾病，有时也可能并发腿部溃疡和血栓性静脉炎。
眼部表现常并发于炎性肠病(3%～11%)，主要为前葡萄膜炎，葡萄膜炎常为急性发病，呈非对称性和短暂性，但常反复出现，脉络膜和视网膜常不受累，但可有眼后部的慢性炎症，肉芽肿性葡萄膜炎罕见，但可能出现于克罗恩病，急性前葡萄膜炎，中轴关节受累与HLA-B27关系比较密切，结膜炎和外层巩膜炎也有报道。
心包炎是一种不常见的并发症，但在克罗恩病能见到伴有主要器官受累的继发性淀粉样变性。