根据实验目的不同，我们选择的细胞反应器也有所不同。下面就对如何选择细胞反应器提供一些参考：
小型实验室哺乳动物细胞，昆虫细胞培养，用于悬浮细胞和贴壁细胞的培养，最理想应用于微载体细胞培养时，选用细胞反应器中的生物搅拌器。
大型的细胞培养，菌体培养，生物代谢产物生产的生产型企业选用，多功能的生物反应器。大型的生物反应器的种类很多，根据用户使用要求，也就是培养的对象来分，可以分为动物贴壁细胞培养反应器，动物细胞贴壁培养的生物反应器，昆虫细胞生物反应器，菌体发酵的生物反应器。企业可以根据培养的对象来选择自己需要的细胞反应器。
小型的实验室哺乳动物细胞放大培养，并且培养对象(动物细胞)对剪切力影响不大的情况下，选用细胞反应器中的细胞培养转瓶机。主要用于细胞的悬浮和贴壁培养。
小型的动物细胞，昆虫细胞和植物细胞的生长的培养;剪切力敏感的细胞和厌养菌的培养;从摇床或组织培养瓶进行培养的过渡培养，选用细胞反应器中的袋式细胞培养器