近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）动物表观基因组学创新团队研发出一种预测碱基编辑效果的新模型，该模型大幅提升了预测碱基编辑器在基因组内源靶位点编辑效果的准确性。相关研究成果发表在《细胞发现》（Cell Discovery）上。
碱基编辑技术是一种新兴的基因编辑技术，用于对DNA分子中特定位置进行单个碱基的修改，主要包括腺嘌呤碱基编辑器与胞嘧啶碱基编辑器等。然而，在评估碱基编辑器的编辑效果时，以前主要通过实验，其耗时耗力，且准确度有限，限制了碱基编辑器的进一步广泛应用。
为找到提高预测准确度的限制因素，科研人员系统比较了碱基编辑器在外源整合靶位点和基因组内源靶位点的编辑效果。研究发现，碱基编辑器在内源靶位点的编辑效果受DNA甲基化、组蛋白修饰等表观因素的影响。
为此，科研人员在整合引导RNA序列特征和靶位点表观因素的基础上，开发了一种预测碱基编辑效果的新模型BE_Endo。该模型可准确预测腺嘌呤碱基编辑器和胞嘧啶碱基编辑器在基因组内源靶位点的编辑效果。
该模型还纳入了基因组表观遗传学信息对编辑效果的影响，在评估碱基编辑器在内源靶位点编辑效果方面更准确和高效，对推动基因编辑工具的应用具有重要意义。
该研究得到国家自然科学基金、国家重点研发计划、中国农业科学院科技创新工程等项目资助。
相关论文信息：https://doi.org/10.1038/s41421-023-00624-1
近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）动物表观基因组学创新团队研发出一种预测碱基编辑效果的新模型，该模型大幅提升了预测碱基编辑器在基因组内源靶位点编辑......
碱基编辑（BE）作为一种前沿的基因组编辑技术，能够在基因组水平上实现精确、高效的单碱基编辑。常用的DNA碱基编辑器主要是通过将可编程的DNA结合蛋白（如Cas9）与碱基脱氨酶融合实现的。然而，这些碱基......
碱基编辑（baseediting，BE）作为前沿的基因组编辑技术，能够在基因组水平上实现精确、高效的单碱基编辑。该技术广泛应用于基础研究、基因治疗和细胞工厂构建等领域。常用的DNA碱基编辑器主要是通过......
碱基编辑（baseediting，BE）作为前沿的基因组编辑技术，能够在基因组水平上实现精确、高效的单碱基编辑。该技术广泛应用于基础研究、基因治疗和细胞工厂构建等领域。常用的DNA碱基编辑器主要是通过......
胆固醇是体检中必须关注的一项。其中，低密度脂蛋白（LDL），即坏胆固醇，是导致动脉硬化、心脏病等的关键因素。在11月12日于美国费城举行的美国心脏协会会议上，美国生物技术公司VerveTherapeu......
10月23日，基因编辑公司VerveTherapeutics宣布，用于治疗高胆固醇基因形式的碱基编辑疗法Verve-101的临床搁置已被解除。这是在患者体内进行单碱基编辑的疗法首次在美国获批进行临床试......
近日，由明星科学家张峰、刘如谦联合创立的BeamTherapeutics宣布将裁掉100名也就是20%的员工，暂停部分研究，并在一些药物项目开发上寻找合作伙伴。作为CGT领域的明星公司、引人瞩目的平台......
基因组编辑可以对生物体遗传信息进行精准、高效的修饰，已成为生命科学领域的一项颠覆性技术。通过融合nCas9（切口酶形式的Cas9）与脱氨酶，美国哈佛大学DavidLiu团队先后开发出胞嘧啶碱基编辑系统......
中国科学院遗传与发育生物学研究所高彩霞研究组开创性地运用AI辅助结构预测，建立起基于三级结构的蛋白聚类方法，并扩展为全新的脱氨酶挖掘体系，开发了一系列具有中国自主知识产权的新型碱基编辑工具。该工作为蛋......
中国科学院遗传与发育生物学研究所高彩霞研究组开创性地运用AI辅助结构预测，建立起基于三级结构的蛋白聚类方法，并扩展为全新的脱氨酶挖掘体系，开发了一系列具有中国自主知识产权的新型碱基编辑工具。该工作为蛋......